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[GROMACS] 求助:使用acpype生成小分子的拓扑文件时显示permission denied

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本帖最后由 wyxlfw 于 2022-12-10 23:56 编辑

在acpepy形成小分子的拓扑文件时,出现permission denied,也输入chomd+x...了还是出现permission denied,求助老师该如何处理?


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发表于 Post on 2022-12-6 21:49:09 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2022-12-6 22:13:27 | 只看该作者 Only view this author
改权限的时候好像没有改好,你试试重新改一下,u+x应该就可以,不行再加上w和r试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-6 22:21:51 | 只看该作者 Only view this author
uu4 发表于 2022-12-6 22:13
改权限的时候好像没有改好,你试试重新改一下,u+x应该就可以,不行再加上w和r试试

我都试过了都不行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-6 22:57:48 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-12-6 21:49
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

有了汽车,还想啥自行车

老师,我在生成蛋白质拓扑文件时遇到了说我的支链上有错误,该如何解决呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-6 23:03:51 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2022-12-7 00:18:27 | 只看该作者 Only view this author

图片上传方式不对
少写的内容直接在原先回帖基础上重新编辑,不要重新发额外的回帖
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-12-7 00:19:14 | 只看该作者 Only view this author
wyxlfw 发表于 2022-12-6 22:57
老师,我在生成蛋白质拓扑文件时遇到了说我的支链上有错误,该如何解决呢

当前问题与acpype和sobtop都毫无关系,是pdb2gmx的事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-8 20:32:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-7 00:19
当前问题与acpype和sobtop都毫无关系,是pdb2gmx的事

老师那这个pdb2gmx的问题,我看了老师的视频,老师的蛋白是有ca离子,我的蛋白有Mg离子,现在不知道该如何处理

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发表于 Post on 2022-12-9 05:24:33 | 只看该作者 Only view this author
wyxlfw 发表于 2022-12-8 20:32
老师那这个pdb2gmx的问题,我看了老师的视频,老师的蛋白是有ca离子,我的蛋白有Mg离子,现在不知道该如 ...

先把问题完整具体描述清楚再说
好好看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-9 14:43:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-9 05:24
先把问题完整具体描述清楚再说
好好看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、 ...

好的谢谢老师,下次一定注意

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发表于 Post on 2023-7-29 18:40:41 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-12-6 21:49
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

有了汽车,还想啥自行车

今天用sobtop生成拓扑文件,也出现了“Permission denied”,请问可能的原因是什么?

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发表于 Post on 2023-7-29 19:17:57 | 只看该作者 Only view this author
jim 发表于 2023-7-29 18:40
今天用sobtop生成拓扑文件,也出现了“Permission denied”,请问可能的原因是什么?
  1. 在Windows下可双击Sobtop.exe图标启动。在Linux下可进入Sobtop目录后运行chmod +x *加上可执行权限,再输入./sobtop启动(不要在其它目录下启动,否则无法正常运行)。启动Sobtop后依次输入以下命令,//后是注释
复制代码


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发表于 Post on 2023-7-29 19:52:23 | 只看该作者 Only view this author

已解决,非常感谢老师!我顺序搞错了

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