NewtonX2.X安装方法

ggdh

官网：http://www.newtonx.org/
功能：激发态动力学，Surface hopping，基于动力学系综的吸收和发射光谱模拟
安装步骤：
1. 下载：去官网简单的填个表，一会就把下载的链接发到你邮箱了，根据链接下载压缩包，本文中下载的包名是

1. nx-v2.2-b08-source+binaries.tgz

复制代码

2. 将压缩包拷贝到linux服务器上，然后在命令行中cd到压缩包的位置
3.解压，然后设置环境变量：将解压目录下的bin目录设为NX变量，然后再加入PATH变量（偷懒的话，复制下面的命令粘贴即可），至此安装完成。

1. dir=`pwd`/`tar -tf nx-v2*-*.tgz | head -n 1`bin
   
2. tar -zxf nx-v2*-*.tgz
   
3. echo "export NX=$dir" >> ~/.bashrc
   
4. echo "export PATH=$dir:\$PATH" >> ~/.bashrc
   
5. source ~/.bashrc

复制代码

4.测试，输入下面的命令：

1. inp-testnx.pl

复制代码

这里会列出一列可用的测试给你选择，选择需要测试的项目比如21，回车确定后输入

1. test-nx.pl > test.log

复制代码

过一会运行完毕后，看test.log中的内容大致如下：
    ... STARTING TESTS ...

Test(s) 21 will be performed.

---------------------------------------------------------------------------
Starting at Sun Apr 22 18:07:54 HKT 2018

    Program: GAUSSIAN-09
    Method: TDA
    Description: Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap

Copy directory /home/zc/NX-2-B19/bin/../test-nx/MD-G09-TDA-NAD-CIO
Run in directory /home/zc/temp/TEST_NX/MD-G09-TDA-NAD-CIO
Running test ...
Test done
    NORMAL termination
Finished at Sun Apr 22 18:08:21 HKT 2018
---------------------------------------------------------------------------

    ... ALL TESTS DONE ...

    Normal termination of all tests.

    All tested files match the standard results.
表明测试成功。

注意事项，newtonx不需要编译，如果非要自己编译，安装下面的库

sudo yum install gsl-devel blas-devel lapack-devel gcc-gfortranls

然后编写解压目录下install目录下的installnx.pl文件，把FFLAGS中的-static去掉，然后运行./installnx.pl按引导操作即可。
或者安装静态库版本
sudo yum install libgfortran-static glibc-static blas-static lapack-static
以及去gsl官网下载源文件自行编译gsl静态库
此时不需要删除installnx.pl中的-static选项。直接运行该文件即可。

小范范1989

钟老师好，有没有这个方法做的一些光谱或者激发态动力学的文章？想了解一下，谢谢钟老师。

ggdh

小范范1989 发表于 2018-4-22 19:11
钟老师好，有没有这个方法做的一些光谱或者激发态动力学的文章？想了解一下，谢谢钟老师。

官网上几篇文章，可以参考

小范范1989

ggdh 发表于 2018-4-23 13:57
官网上几篇文章，可以参考

恩，下载了，后面具体看看，谢谢钟老师。

yjmaxpayne

这东东不错，谢谢分享，之后有空去试试。

小范范1989

钟老师好，我是这样安装的：
1：下载了软件，然后解压。tar zxvf nx-v2.0-b19-source+binaries.tgz
2: cd NX-2-B19/bin
3: pwd
然后复制路径 /home/fanjz/globle/software4/NX-2-B19/bin
4：修改bashrc如下：
#Newton-install
export NX=/nobackup/fanjz/software4/NX-2-B19/bin
export PATH=/nobackup/fanjz/software4/NX-2-B19/bin:$PATH

5：按照您说的，输入inp-testnx.pl
输出如下：
18) DFTB            DFTB        : Dynamics, Adiabatic in excited state
19) GAUSSIAN        CASSCF      : Dynamics, Non-adiabatic with NAC vectors
20) GAUSSIAN-09     TDDFT       : Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap
21) GAUSSIAN-09     TDA         : Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap
22) GAUSSIAN-09     TD-UDFT     : Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap
23) GAUSSIAN-09     TDDFT       : Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap_od
24) GAUSSIAN-09     TDDFT       : Initial conditions
25) GAUSSIAN-09     TDDFT       : Dyson orbitals
26) GAUSSIAN-09     TDDFT       : Photoelectron Spectrum
27) GAMESS          CASSCF      : Initial conditions
28) GAMESS          CASSCF      : Dynamics, Non-adiabatic with NAC vectors
29) GAMESS          CASSCF      : Dynamics, Adiabatic
30) GAMESS          CCSD        : Dynamics, Adiabatic in excited state
31) NEWTON-X        ANALYTICAL  : Dynamics, Non-adiabatic with NAC vectors using model 1
32) NEWTON-X        TULLY 1     : Dynamics, Non-adiabatic with NAC vectors using Tully model 1
33) NEWTON-X        PICK-POINTS : Initial conditions from a previous dynamics

Select tests to be performed (comma separated list, e.g., 6-9,11,13):
选择21回车，输出如下：
Select tests to be performed (comma separated list, e.g., 6-9,11,13): 21

Now, run $NX/test-nx.pl > test.log

然后执行test-nx.pl > test.log
如下的输入：
fanjz@node00:~/globle/software4/NX-2-B19/bin> test-nx.pl > test.log

ERROR: NX is dying now ...
diff: RESULTS/dyn.out: No such file or directory

如果是如下的输入：
fanjz@node00:~/globle/software4/NX-2-B19/bin> $NX/test-nx.pl > test.log

ERROR: NX is dying now ...
diff: RESULTS/dyn.out: No such file or directory

还是这样的错误，
这是什么问题呢？是我的环境变量没设置好的原因吗？
谢谢钟老师。

ggdh

小范范1989 发表于 2018-6-7 18:14
钟老师好，我是这样安装的：
1：下载了软件，然后解压。tar zxvf nx-v2.0-b19-source+binaries.tgz
2: c ...

环节变量是对的。
看看log文件里面说什么

小范范1989

ggdh 发表于 2018-6-7 22:41
环节变量是对的。
看看log文件里面说什么

钟老师好，还是按照原来的环境变量。我按照帖子，输入如下：同时输出也如下。

fanjz@node00:~> test-nx.pl > test.log

ERROR: NX is dying now ...
diff: RESULTS/dyn.out: No such file or directory
fanjz@node00:~> cat test.log

          ============================================================  
                                     NEWTON-X                           
                   Newtonian dynamics close to the crossing seam        
          ============================================================  

                                  www.newtonx.org                       

    Newton-X version 2.0 (build 19, 2018-04-10)
    www.newtonx.org
----------------------------------------------------------------------
    The Newton-X program is distributed free of charge for non-
    commercial and non-profit uses. You may use the program freely
    and adapt the code to your needs. Please, if you have any
    enhancements, share them with us. You are, however, not allowed
    to re-distribute code or binaries in parts or total. Anyone
    intending to use Newton-X must contact us. This program is
    shipped to the user "as is". There is no guarantee that it will
    work as described. Usage is at your own risk, there is no
    liability taken for any damage or loss of data and/or money.
    If you experience problems, you may contact the developers and
    a community of users at the Newton-X discussion group, but bear
    in mind that there is no kind of official support for Newton-X.

    Cite Newton-X as:
    M. Barbatti, G. Granucci, M. Ruckenbauer, F. Plasser,
    R. Crespo-Otero, J. Pittner, M. Persico, H. Lischka, NEWTON-X:
    a package for Newtonian dynamics close to the crossing seam,
    version 2.0, www.newtonx.org (2017).

    M. Barbatti, M. Ruckenbauer, F. Plasser, J. Pittner, G. Granucci,
    M. Persico, H. Lischka, WIREs: Comp. Mol. Sci., 4, 26 (2014).

    Please, check the documentation for references to specific
    methods and algorithms.

    For download the program, documentation, and tutorial, visit:
    http://www.newtonx.org

    For support, visit the Newton-X discussion group at:
    https://groups.google.com/d/forum/newtonx
----------------------------------------------------------------------


Newton-X path: /nobackup/fanjz/software4/NX-2-B19/bin


    NX = /nobackup/fanjz/software4/NX-2-B19/bin


    ... STARTING TESTS ...

Test(s) 21 will be performed.

---------------------------------------------------------------------------
Starting at Sat Jun  9 15:57:27 CST 2018

    Program: GAUSSIAN-09   
    Method: TDA        
    Description: Dynamics, Non-adiabatic with cioverlap

Copy directory /nobackup/fanjz/software4/NX-2-B19/bin/../test-nx/MD-G09-TDA-NAD-CIO
Run in directory /home/fanjz/TEST_NX/MD-G09-TDA-NAD-CIO
Running test ...
Test done
    ERROR termination
Finished at Sat Jun  9 15:57:27 CST 2018
---------------------------------------------------------------------------

    ... ALL TESTS DONE ...

    Normal termination of 0 tests.
    1 tests finished with ERROR.

    All tested files match the standard results.

谢谢钟老师指点。

ggdh

小范范1989 发表于 2018-6-9 16:15
钟老师好，还是按照原来的环境变量。我按照帖子，输入如下：同时输出也如下。

fanjz@node00:~> test-n ...

无法看到有用的错误信息，这种情况下我会去
/home/fanjz/TEST_NX/MD-G09-TDA-NAD-CIO
下看看发生了什么。。

小范范1989

ggdh 发表于 2018-6-9 22:14
无法看到有用的错误信息，这种情况下我会去
/home/fanjz/TEST_NX/MD-G09-TDA-NAD-CIO
下看看发生了什 ...

偶，好来，谢谢钟老师。我再鼓捣鼓捣试试，谢谢老师指点

bluewhale

能否将nx-v2.0-b19-source+binaries.tgz放到网盘里，从原网上下载太慢了，~30 kB/s.

zhangfuqiang

我用gaussian16,问题跟这个相似。环境变量没配好。到RESULT文件夹，里面有提示。就是要把Gaussian的环境变量配好。

小范范1989

zhangfuqiang 发表于 2018-7-19 19:43
我用gaussian16,问题跟这个相似。环境变量没配好。到RESULT文件夹，里面有提示。就是要把Gaussian的环境变 ...

老师好，我到这个目录下NX-2-B19/TEST_NX/MD-G09-TDA-NAD-CIO/RESULTS>
看到提示确实是高斯没有配置好：
     moldyn.pl: <ERROR> $g09root variable is not defined. Check it and run again.
这个高斯09的或者高斯16的环境变量在哪配置呢？
谢谢老师指点。

ggdh

小范范1989 发表于 2018-7-30 09:54
老师好，我到这个目录下NX-2-B19/TEST_NX/MD-G09-TDA-NAD-CIO/RESULTS>
看到提示确实是高斯没有配置好 ...

一般在安装gaussian的时候写在~/.bashrc中

小范范1989

ggdh 发表于 2018-7-30 10:30
一般在安装gaussian的时候写在~/.bashrc中

谢谢钟老师。
也就是安装这个NX软件的话，除了配置她自己的环境变量以外，还需要在配置高斯的环境变量吗？
因为，这个软件我是想安装自己目录下。
我们高斯是安装在我们集群上。
我可以修改我目录下，但是应该不能修改集群的信息。
谢谢钟老师。