NewtonX2.X安装方法

ggdh

小范范1989 发表于 2018-7-30 16:00
谢谢钟老师。
也就是安装这个NX软件的话，除了配置她自己的环境变量以外，还需要在配置高斯的环境变量吗 ...

是的，看看你集群上g09 任务的提交脚本 应该能找到g09root

让你变成回忆

钟老师，在inp-testnx.pl这一步出现错误：Can't locate colib_perl.pm in @INC  是否是perl版本的问题？ 目前的系统是RedHat6

dingweilu

接楼上老师的补充，我也遇到了相同问题，最后解决的方法就是vi  ~/.bashrc，在里面添加G09的环境变量即可，如果是使用pbs脚本提交作业的，直接将pbs脚本里的G09环境变量复制，再添加进bashrc即可测试成功

猪头梨

您好，我想问一下这个软件可以进行准经典轨迹研究吗

Daniel_Arndt

猪头梨 发表于 2019-2-28 16:56
您好，我想问一下这个软件可以进行准经典轨迹研究吗

论坛里有人提供了Texas A&M University的Daniel A. Singleton编写的Progdyn，估计能够满足你的需求。

xiaojingling016

小范范1989 发表于 2018-7-30 09:54
老师好，我到这个目录下NX-2-B19/TEST_NX/MD-G09-TDA-NAD-CIO/RESULTS>
看到提示确实是高斯没有配置好 ...

你好，我的Newton-X安装也出现了 moldyn.pl: <ERROR> $g09root variable is not defined. Check it and run again。这个怎么解决呢

sobereva

xiaojingling016 发表于 2019-3-3 22:26
你好，我的Newton-X安装也出现了 moldyn.pl:  $g09root variable is not defined. Check it and run agai ...

没定义g09root变量，这应当指向g09的所在目录

猪头梨

Daniel_Arndt 发表于 2019-3-1 01:00
论坛里有人提供了Texas A&M University的Daniel A. Singleton编写的Progdyn，估计能够满足你的需求。

非常感谢

xiaojingling016

老师，您好，已经按照该方法安装好软件，现在计算过程出现错误，错误信息为：Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
   rdx 00000000000063c2, rsp 00007fff28925f98, rbp 00007fff28926510
   rsi 000000000000000b, rdi 00000000000063c2, r8  00002af44ab607c0
   r9  0000000000000000, r10 00007fff28925d20, r11 0000000000000202
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fff28926558
   r15 00000000000003e6
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf370) [0x2af44ad64370]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2af44b2a84a7]
  /gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x47d9a7]
  /gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x492509]
  /gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x50a56d]
  /gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x4eab00]
  /gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x67bb0f]
  /gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x4c7f0a]
  /gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x51aadf]
  /gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x41a7eb]
  /gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x40ecce]
  /gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x4037b0]
  /gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x4036ed]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2af44b294b35]
  /gpfs1/share/apps/g09/l502.exe() [0x4035e9]
Gaussian call failed (run_g09_initcond:).
不知道这个错误怎么解决，麻烦老师给看一下。

ggdh

xiaojingling016 发表于 2019-3-6 20:47
老师，您好，已经按照该方法安装好软件，现在计算过程出现错误，错误信息为：Error: segmentation violatio ...

按照他提升是gaussian 运行时出错，应该检查gaussian的log，该log应该在job_ad 文件夹里面

MaGicBOX

ggdh 发表于 2019-3-8 18:09
按照他提升是gaussian 运行时出错，应该检查gaussian的log，该log应该在job_ad 文件夹里面

老师您好，我在用newton-x v2.2版本根据tutorial接入g09做surface hopping dynamics
在生成nxinput文件时报错如下：
Can't locate Math/VectorReal.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/theochem/newton-2.2/NX-2.2-B08/bin/lib /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 . /usr/local/theochem/newton-2.2/NX-2.2-B08/source/lib) at /usr/local/theochem/newton-2.2/NX-2.2-B08/source/lib/Chemistry/Atom.pm line 52.
然而我在我的nx解压包里找不到对应的Math/VectorReal.pm，这是我解压文件出问题了吗？
我是在计算机集群下使用的，用的是bash shell

NicoleJiao

小范范1989 发表于 2018-6-7 18:14
钟老师好，我是这样安装的：
1：下载了软件，然后解压。tar zxvf nx-v2.0-b19-source+binaries.tgz
2: c ...

Select tests to be performed (comma separated list, e.g., 6-9,11,13): 21

Now, run $NX/test-nx.pl > test.log

b-an01 [/pfs/nobackup/home/w/weihu/jff/N-X/NX-2.2-B08]$ test-nx.pl > test.log
initcond.pl: is dying now
diff: final_output.1.2: No such file or directory
你好，我也出现了这样的问题，请问您当时是怎么解决的呢？

fineren

动力学计算的光谱准确吗？意义是什么？

archer

您好！我测试29可以，其他与MD有关的都失败了。runnx.error:
sh: /home/user05/softwares/newton-x/bin/write_pair: No such file or directory

wangzhe

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