求助：使用autodock vina对接时出现ATOM语法不正确

zhangs · 发表于 Post on 2023-5-31 10:23:07

各位老师，我使用Autodock vina对DNA与小分子进行对接时出现了以下报错，我想问下应该怎么解决。

Parse error on line 2034 in file "DNA.pdbqt": ATOM syntax incorrect: "B" is not a valid AutoDock type. Note that AutoDock atom types are case-sensitive.

zhangs · 发表于 Post on 2023-6-7 09:57:50

DNA的结构

zhangs · 发表于 Post on 2023-6-7 10:00:23

这是三个小分子的结构

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-6-8 06:53:28

看你的DNA的PDB文件，不知道你这个结构是哪里来的，里面好多P上面没有O

还有些位置不合理

在就是第一个碱基是个人工碱基，里面有个硼酸，不是AD4力场或者Vina力场里默认支持的元素，Vina的元素类型检测是通不过了
实在要对接可以用autodock，去
https://github.com/draskot/Vini/blob/main/AD4_parameters.dat
下载AD4力场扩展元素的非键参数文件，按照正常流程生成gpf文件，把这里下的文件添加进去，运行autogrid生成对应的affinity map然后正常对接，dpf文件也要把这个参数文件填进去

zhangs · 发表于 Post on 2023-6-8 10:10:57

喵星大佬发表于 2023-6-8 06:53
看你的DNA的PDB文件，不知道你这个结构是哪里来的，里面好多P上面没有O

还有些位置不合理

谢谢，非常感谢大佬的帮助

zhangs · 发表于 Post on 2023-6-9 15:38:53

本帖最后由 zhangs 于 2023-6-15 09:37 编辑

喵星大佬发表于 2023-6-8 06:53
看你的DNA的PDB文件，不知道你这个结构是哪里来的，里面好多P上面没有O

还有些位置不合理

感谢感谢

494085639 · 发表于 Post on 2023-7-11 11:09:11

想请教下有办法把这个参数加到VINA里边吗，我想做批量对接autodock有点搞不定

zhangs · 发表于 Post on 2023-7-13 09:23:15

494085639 发表于 2023-7-11 11:09
想请教下有办法把这个参数加到VINA里边吗，我想做批量对接autodock有点搞不定

vina好像对接不了这种含有元素类型检测不通过的原子的化合物

hdx · 发表于 Post on 2023-8-5 17:35:43

喵星大佬发表于 2023-6-8 06:53
看你的DNA的PDB文件，不知道你这个结构是哪里来的，里面好多P上面没有O

还有些位置不合理

你好，这个文件下载下来以后放到哪里，具体要怎么操作可以指点一下吗

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[分子对接] 求助：使用autodock vina对接时出现ATOM语法不正确