td优化，N和C会连在一起，这是为什么呢，如何避免这一现象呢？

任嘉人amber

各位老师好，我再做批量优化的时候，用td优化，他结构始终会变成这样，N和C会连在一起，这是为什么呢，如何避免这一现象呢？已经做过benchmark，部分结构的结果跟实验结果对的比较好的是b3lyp，起始结构是dft优化收敛无虚频的结构，因为做的是批量优化，所以一个个手调不太合理，想问问各位老师，有没有什么方便的可以批量处理500个结构这种的方法，谢谢各位老师了

感谢各位老师

kimariyb

首先，你这分区都没分对，高斯结构优化怎么就跑到分子模拟去了，待会又要被社长说。自己去看发帖的要求。
其次，你这优化任务都没正常结束，后面都震荡成那样了，这结构根本没有参考价值。参考《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》http://sobereva.com/164
最后，就算你图中的结构是成功收敛且无虚频的极小值结构，也不能将 gview、VMD 等可视化建模程序显示的 “键” 看作是真正的键，可视化程序只是根据原子之间的距离判断是否成键，成的什么键，你把这个阈值设大点他就不成键，设小点就全成键，参考价值不大。合理的做法是使用 Multiwfn 对其做键级分析，这样才能得出成键与否的结论，从可视化程序直接看出来的结果没有什么信服力。参考《谈谈原子间是否成键的判断问题》http://sobereva.com/414

任嘉人amber

kimariyb 发表于 2023-8-8 17:49
首先，你这分区都没分对，高斯结构优化怎么就跑到分子模拟去了，待会又要被社长说。自己去看发帖的要求。
...

不是啊，这是tddft的s1结构优化，他趋势很不合理，不应该C和N靠近啊，因为结构不合理，所以S1的波长才不合理，不管我怎么优化他都会这样，不是说收敛的问题

kimariyb

任嘉人amber 发表于 2023-8-8 20:10
不是啊，这是tddft的s1结构优化，他趋势很不合理，不应该C和N靠近啊，因为结构不合理，所以S1的波长才不 ...

S1的结构优化不是结构优化吗？你给的输出文件就是没收敛啊，你这趋势不是在震荡？趋势不对，就调整一下初猜结构，或者换成 PBE0 试试。你这优化的结果就是没收敛，后面一直在震荡，有什么好争的。

任嘉人amber

kimariyb 发表于 2023-8-8 21:13
S1的结构优化不是结构优化吗？你给的输出文件就是没收敛啊，你这趋势不是在震荡？趋势不对，就调整一下初 ...

这位同学您好，我觉得你的方法不适合我这种批量优化500个结构的分子，我不可能一个个手调500个分子的结构，况且我选用的初始结构是通过dft优化收敛后没有虚频的作为初猜，已经做过benchmark，部分有实验数据的结果，对的比较好的是b3lyp

sobereva

任嘉人amber 发表于 2023-8-8 21:22
已经做过benchmark，部分结构的结果跟实验结果对的比较好的是b3lyp

一次性把话说完整，别盖楼。没写完整的重新编辑帖子，别反复发好多回帖
下次直接删帖处理

发帖的时候看清楚板块再发，量化问题别发到分子模拟版块，这次给你移动了，以后注意！

LittlePupil

2楼说的第二点可以作为参考，这样的结构往往很难收敛，如果不强求每个结构都得到符合期望的结果，只对那些没有正常结束的任务手动调整就好了。

至于正常结束的任务，只能凭经验写脚本判断结果是否符合期望，但这本就依赖于你对体系的熟悉程度，我只能想到两种方法，一种是你手动定义键长、键角等结构参数的“正常”范围，不在此范围的一律视为异常，手动调整后重算，通常这样的任务比较少，手动调整也不会有很大的工作量；另一种是你已经知道可能出现哪些奇奇怪怪又不符合期望的结构，根据这些结构的特征写处理脚本，对于具有此类特征的结构手动调整后重算。

kimariyb

任嘉人amber 发表于 2023-8-8 21:19
这位同学您好，我觉得你的方法不适合我这种批量优化500个结构的分子，我不可能一个个手调500个分子的结构 ...

应该不至于 500 个结构都这样吧，先把其他的结构都优化试试，楼上的老师说的和我的想法差不多，先把全部的优化完然后单独挑出不太行的结构额外调整一下输入文件再试试。