GROMACS做模拟时遇到RMSD波动剧烈怎么办？

fbw1998 · 发表于 Post on 2023-9-17 17:22:55

各位大佬，我最近在做关于蛋白与小分子的结合的分子动力学模拟，但是在结果分析的时候发现蛋白骨架和复合物的RMSD波动不大，而小分子的RMSD波动十分剧烈，不知道这是什么原因？
同时也想问一下，在动力学结果分析的时候需不需要看小分子的RMSD呢？

rpestana94 · 发表于 Post on 2023-9-17 23:45:12

Usually you don't need the ligand RMSD, you just compare the RMSD of the protein alone against the complex.

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-18 10:54:56

柔性分子，而且构象没有被蛋白质稳定束缚的情况下，RMSD注定不可能小，在VMD里绘制多帧叠加图一看便知
本来实际中就有可能构象反复变化，根据实际轨迹图像凭常识判断正常还是异常

beyond · 发表于 Post on 2023-9-18 21:25:56

计算小分子的RMSD的时候，还要注意，一般都是需要先做蛋白的alignment，再计算小分子的RMSD。。。

fbw1998 · 发表于 Post on 2023-9-19 16:04:48

rpestana94 发表于 2023-9-17 23:45
Usually you don't need the ligand RMSD, you just compare the RMSD of the protein alone against the c ...

好的，谢谢

fbw1998 · 发表于 Post on 2023-9-19 16:05:41

sobereva 发表于 2023-9-18 10:54
柔性分子，而且构象没有被蛋白质稳定束缚的情况下，RMSD注定不可能小，在VMD里绘制多帧叠加图一看便知
本 ...

好的，谢谢社长

fbw1998 · 发表于 Post on 2023-9-19 16:06:08

beyond 发表于 2023-9-18 21:25
计算小分子的RMSD的时候，还要注意，一般都是需要先做蛋白的alignment，再计算小分子的RMSD。。。

好的，谢谢

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