psi4计算石墨氮吸附氧气分子能量分解分析结果有误

manying

各位老师，我在用psi4计算石墨氮吸附氧气分子能量分解分析的时候，发现计算结果为总和为正值，无法吸附。但自己之前用Gaussian计算吸附能的时候结果明显为负值是可以吸附的上。就此产生疑问，希望各位老师给予解答，不胜感激

sobereva

induction项很离谱，可能收敛到了奇怪的波函数

我建议用sobEDAw做能量分解，使用方便，耗时低，结果可靠，而且算出来的相互作用能和自己手动拿Gaussian算的还正好完全一样
原文ChemRxiv (2023) DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-n79rz（刚被JPCA接收）
非常详细的教程：http://sobereva.com/soft/sobEDA_tutorial.zip

zjxitcc

这还挺有意思的，不简单。这个复合物整体自旋和片段自旋有两种划分方式：
（1）整体0 4，片段一0 2，片段二0 3；
（2）整体0 2，片段一0 -2，片段二0 3
而PSI4目前只支持第一种计算，即所有单电子全平行，都取做alpha单电子，这种情况下即使算出来两个单体是排斥的，也很正常。严谨起见，应该对片段的UHF波函数做稳定性检查。
你也要注意你在高斯中用的是什么方式计算，不能用高斯的方式（2）去对比PSI4的方式（1）。而GKS-EDA支持计算这两种不同形式的能量分解，对比结果才能更好地看出来。这里演示一下用frag_guess_wfn小程序自动生成并加速GKS-EDA计算的技巧，首先写两个gjf文件
方式（1）

1. %mem=48GB
   
2. %nprocshared=28
   
3. #p UPBE1PBE/TZVP guess(fragment=2) em=gd3bj
   
4. 
   
5. {gks}
   
6. 
   
7. 0 4 0 2 0 3
   
8. C(fragment=1)     -1.41682144   -3.54873399   -0.30108952
   
9. ...
   
10. N(fragment=1)     -1.41616049   -1.09526767   -0.21881053
    
11. O(fragment=2)      0.85741591   -2.18278294    2.59459405
    
12. O(fragment=2)     -0.39354975   -2.38681302    2.38520154
    

复制代码

方式（2）

1. %mem=48GB
   
2. %nprocshared=28
   
3. #p UPBE1PBE/TZVP guess(fragment=2) em=gd3bj
   
4. 
   
5. {gks}
   
6. 
   
7. 0 2 0 -2 0 3
   
8. 一样的坐标和划分片段
   

复制代码

这两个gjf文件是可以用GaussView打开可视化的。依次运行

1. frag_guess_wfn 1.gjf >1.out 2>&1
   
2. frag_guess_wfn 2.gjf >2.out 2>&1

复制代码

程序会自动调用高斯做DFT计算，并生成GKS-EDA输入文件1.inp和2.inp，里面电荷、自旋、划分片段、坐标、EDA关键词全写好了，还有分子轨道可让GAMESS极速收敛，提交给XEDA即可

1. xeda 1.inp 00 28 >1.gms 2>&1
   
2. xeda 2.inp 00 28 >2.gms 2>&1

复制代码

XEDA的安装见《GKS-EDA计算简介》。frag_guess_wfn是免费、开源的MOKIT程序里的小程序，见中文简介。

我已经看过了GKS-EDA计算结果，确实是第二种情况下结合才有利。

manying

zjxitcc 发表于 2023-8-10 12:51
这还挺有意思的，不简单。这个复合物整体自旋和片段自旋有两种划分方式：
（1）整体0 4，片段一0 2，片段 ...

谢谢，老师。我这在去学一下。