VMD计算径向分布函数老是趋向与0，而不是1，是为什么呀

sugar123 · 发表于 Post on 2022-6-2 15:43:16

本帖最后由 sugar123 于 2022-6-2 15:46 编辑

VMD参数设置如图，有人了解这个嘛，我的体系是纳米粒子和水的体系，type1代表纳米颗粒，想研究纳米颗粒的聚集情况

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-3 03:58:03

把体系截图发出来

王二葛 · 发表于 Post on 2022-6-3 12:05:18

你这盒子边长 20 Ang，RDF 只画到 10 Ang 是不足以产生各向同性的。画到 100 Ang 甚至更远，RDF 就会趋近于 1 了

sugar123 · 发表于 Post on 2022-6-9 15:17:01

王二葛发表于 2022-6-3 12:05
你这盒子边长 20 Ang，RDF 只画到 10 Ang 是不足以产生各向同性的。画到 100 Ang 甚至更远，RDF 就会趋近于 ...

您好我尝试了一下画到100A 他是完全趋近于0 的

sugar123 · 发表于 Post on 2022-6-9 15:18:45

这是体系和类型1的VMD截图还有计算的100A的Gr曲线

sugar123 · 发表于 Post on 2022-9-14 16:53:59

sobereva 发表于 2022-6-3 03:58
把体系截图发出来

老师方便看一下嘛

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-15 02:46:39

sugar123 发表于 2022-9-14 16:53
老师方便看一下嘛

根据rdf定义去理解
并且画结构图时把盒子边框用pbc box显示出来，并且确保计算rdf时如实考虑了PBC

sugar123 · 发表于 Post on 2022-9-15 09:50:33

sobereva 发表于 2022-9-15 02:46
根据rdf定义去理解
并且画结构图时把盒子边框用pbc box显示出来，并且确保计算rdf时如实考虑了PBC

老师就是我是研究的粒子的一个团聚情况然后想通过RDF去表征这个情况就是计算同种粒子的RDF 我发现如果粒子在盒子中分散均匀的时候他的径向分布函数就是趋近于1的但是假如她发生了团聚就是粒子都聚在一起的时候他的RDF就会趋近于0 这种情况可以解释嘛

sugar123 · 发表于 Post on 2022-9-15 09:52:54

sugar123 发表于 2022-9-15 09:50
老师就是我是研究的粒子的一个团聚情况然后想通过RDF去表征这个情况就是计算同种粒子的RDF 我发现如 ...

这是两者的RDF ，还有粒子的分布情况，pbc box 是已经画了出来的，麻烦sob老师有时间可以指导一下嘛

赵小壮 · 发表于 Post on 2022-9-18 15:19:47

本帖最后由赵小壮于 2022-9-18 15:20 编辑

sugar123 发表于 2022-9-15 09:52
这是两者的RDF ，还有粒子的分布情况，pbc box 是已经画了出来的，麻烦sob老师有时间可以指导一下嘛

这是正确的。RDF是这样的，数夹层r - r+dr内的粒子数目，然后除以夹层体积。例如你计算方盒子体心的RDF时候，当r<=a的时候整个球还是整的，而当超过这个值的时候，体积就不是壳层体积了，而是壳层也方盒子的重叠体积（之前也是重叠体积，但是方盒子完全包含壳层。例如，当统计\sqrt{3}a -dr 到\sqrt{3}a 这个壳层时候，你想想这个重叠体积多小，只有立方体的八个角尖尖的那一点里边的粒子数，而除以的体积确实整个4\pi (\sqrt{3}a)^2dr这个壳层体积。看来VMD里没解决这个问题，这个问题的解决需要你考虑全相邻盒子的粒子的镜像，或者直接计算我说的那个重叠部分的体积，但这个体积的积分比较繁琐。（有什么不懂的可以接着问我）

sugar123 · 发表于 Post on 2022-10-18 20:25:29

赵小壮发表于 2022-9-18 15:19
这是正确的。RDF是这样的，数夹层r - r+dr内的粒子数目，然后除以夹层体积。例如你计算方盒子体心的RDF时 ...

太感谢您啦也就是说其实当粒子发生团聚得时候在距离中心离子超过一定得距离得时候他的数目很少所以导致径向分布函数越来越小是这样嘛

赵小壮 · 发表于 Post on 2022-10-20 16:10:54

sugar123 发表于 2022-10-18 20:25
太感谢您啦也就是说其实当粒子发生团聚得时候在距离中心离子超过一定得距离得时候他的数目很少所以导 ...

不是，是距离中心原子远的地方，壳层数密度应该趋近于平均数密度，RDF是二者的比值，应该趋近于1，无穷远的时候都是1。可是为什么比1还小了呢，是因为通常软件计算的时候都是只计算一个晶格内的，你注意这几个距离，当球的半径是a/2(a是边长)的时候，是不是晶格还能完整地包裹整个球，当球的半径超过是不是就不能包含整个球了，按照周期性平移，球和晶格不相交的地方有没有粒子，有吧，但软件算没算，没算，所以出现比1还小，到无穷远的时候，你说周期性体系里无穷远处有没有粒子，有吧，软件算没算，没算。

sugar123 · 发表于 Post on 2022-11-8 21:21:44

赵小壮发表于 2022-10-20 16:10
不是，是距离中心原子远的地方，壳层数密度应该趋近于平均数密度，RDF是二者的比值，应该趋近于1，无穷远 ...

非常感谢您的解答，可是这样的话是不是就不可以放在文章里进行解释了呀，这种情况下该如何对这个进行解释那

赵小壮 · 发表于 Post on 2022-11-9 15:08:07

这个很基础应该不用放文章里说吧。要是审稿人问起来，回复意见里说就好了

tinglu · 发表于 Post on 2023-4-3 11:24:21

sugar123 发表于 2022-9-15 09:52
这是两者的RDF ，还有粒子的分布情况，pbc box 是已经画了出来的，麻烦sob老师有时间可以指导一下嘛

楼主请问一下这个后面的归一化是怎么画出来的呀，我也设置了格子也用了PBC但是还是最后趋向为0了

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