请问给体系中某个水分子加入位置限制呢？

Lym · 发表于 Post on 2023-8-29 21:18:31

本帖最后由 Lym 于 2023-8-29 21:22 编辑

老师您好，请问我想给我当前体系中的某一个水分子[top文件中将其名称改为:YOU(并在当前的文件给出了YOU.itp)为了与其他水分子SOL区分]在进行模拟过程中加入位置限制(如下图）[图中多打了一行[position_restraints]在top文件中已经删掉了]

但是在跑动力学之前的能量最小化提示(如图中红字部分下面的提示), 并且我在对应的mdp文件中已经加上了"define = -DPOSERS"
上图中的提示是不是表明我并没有成功给这个水分子加入位置限制呢？如果没有的话，我应该如何才能成功给这个水分子(YOU)加上位置限制呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-30 00:22:05

没有top文件和YOU.itp完整文件没法说

Lym · 发表于 Post on 2023-8-30 11:13:44

本帖最后由 Lym 于 2023-8-31 05:29 编辑

sobereva 发表于 2023-8-30 00:22
没有top文件和YOU.itp完整文件没法说

sob老师您好, 这是我的top文件以及YOU.itp, 麻烦您再帮我看一下问题是出现在了哪里呢？
然后晚上的时候我发现是由于YOU.itp文件中这部分被删除导致的:

后面我将YOU.itp改为如下图的内容:

现在已经能跑了, 但是我不知道上述的方式是否是正确的呢？麻烦sob老师能再次指点我一下。

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-31 00:35:56

Lym 发表于 2023-8-30 11:13
sob老师您好, 这是我的top文件以及YOU.itp, 麻烦您再帮我看一下问题是出现在了哪里呢？

正确

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 请问给体系中某个水分子加入位置限制呢？