ReaxFF中简单建模方法分享

wildon · 发表于 Post on 2023-9-8 22:27:07

本帖最后由 wildon 于 2023-9-8 22:44 编辑

各位好，最近看到几篇使用ReaxFF时模型构建很繁琐的帖子，我分享一下我的做法，比较简单，希望给使用ReaxFF的同学有所帮助。

第一步：在MS中建立模型。

第二步：将模型导出为 xx.pbd文件。

第三步：将 xx.pbd导入VESTA，再另存为xx.VASP文件。

第四步：将xx.xsd导出OVITO，导出为lammps使用的data文件。

通过以上四步就可以将MS中建立的分子模型转化为lammps所需要的data文件。

如有错误欢迎大家指出。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-9-8 22:37:25

为什么不直接在MS里到处xsd然后导入ovito呢？会出什么问题么？

wildon · 发表于 Post on 2023-9-8 22:42:47

本帖最后由 wildon 于 2023-9-8 22:45 编辑

Lacrimosa 发表于 2023-9-8 22:37
为什么不直接在MS里到处xsd然后导入ovito呢？会出什么问题么？

不好意思，帖子中描述错了，应该是vasp格式。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-9-8 22:44:51

wildon 发表于 2023-9-8 22:42
我的ovito打不开这个格式，我使用版本是3.8，不知道是不是版本的问题。

确实，我发现我也打不开

wildon · 发表于 Post on 2023-9-8 22:45:32

Lacrimosa 发表于 2023-9-8 22:44
确实，我发现我也打不开

描述错了，应该是vasp格式

Graphite · 发表于 Post on 2023-9-9 07:18:18

本帖最后由 Graphite 于 2023-9-9 07:21 编辑

atomsk xxx.pdb -lmp -properties yyy.txt
其中yyy.txt写元素电荷信息（都是0就行，反正会用QEQ)

这会直接生成atom_style = charge的lammps data文件

wildon · 发表于 Post on 2023-9-9 10:37:09

Graphite 发表于 2023-9-9 07:18
atomsk xxx.pdb -lmp -properties yyy.txt
其中yyy.txt写元素电荷信息（都是0就行，反正会用QEQ)

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