使用cp2k产生的.cube文件绘制电子密度差图时遇到问题

吞木木 · 发表于 Post on 2023-4-20 18:24:48

本帖最后由吞木木于 2023-4-20 18:22 编辑

各位老师好：
我在根据卢天老师帖子 http://sobereva.com/638 做练习，跟着帖子里的步骤很顺利的得到了结果图，我画出的图跟帖子里的几乎没有差别。如下图：

但是我换成我的体系后，最后得到的结果却是下边这样（个人觉得在吸附的界面上不应该有差值，应该跟卢天老师的帖子里一样，下边界面上很干净）：

下边三个图分别是界面+吸附分子、界面、单纯的吸附分子的电子密度图。

我想知道为什么我的体系做出来之后，界面里边的电子密度为什么这么混乱，应该怎么调啊？
附上我的输入文件。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-20 19:04:40

大概率是三个cube文件里原子坐标不对应所致

吞木木 · 发表于 Post on 2023-4-20 21:38:44

sobereva 发表于 2023-4-20 19:04
大概率是三个cube文件里原子坐标不对应所致

谢谢老师的回答，刚才做了一下单纯的只减去吸附分子结果，发现确实是cube文件里原子坐标没有对齐导致的。因为减完之后属于吸附分子的那一部分蓝色跑进里边去了。
我检查了一下，输入文件里边调用的坐标是对齐的。

然后我打开cube文件，把相应位置的原子坐标改了一下，改成了对应的，然后继续看作差的结果，发现没有什么改变，我想请问老师这种情况怎么解决啊？

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-21 02:59:19

吞木木发表于 2023-4-20 21:38
谢谢老师的回答，刚才做了一下单纯的只减去吸附分子结果，发现确实是cube文件里原子坐标没有对齐导致的。 ...

你这么改坐标显然没有任何意义，cube里的格点数据又不会发生改变

必须给CP2K用的输入文件里的坐标就得一致，而且做不令坐标产生改变的任务，诸如不能是优化任务。通常都是先优化整体结构，然后基于优化完的整体的坐标，对每个片段单独算单点的时候得到各自的cub文件

吞木木 · 发表于 Post on 2023-4-21 10:09:05

sobereva 发表于 2023-4-21 02:59
你这么改坐标显然没有任何意义，cube里的格点数据又不会发生改变

必须给CP2K用的输入文件里的坐标就得 ...

谢谢老师指导，已经排除原因了，是因为输入文件里多了下边的参数导致的。
&CENTER_COORDINATES #Centering the atoms in the box
&END CENTER_COORDINATES

lisasever · 发表于 Post on 2023-9-11 16:54:44

你好，我最近也在做这个算例，能问问你是用啥软件显示的等值面吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-11 22:16:26

lisasever 发表于 2023-9-11 16:54
你好，我最近也在做这个算例，能问问你是用啥软件显示的等值面吗？

一看风格就知道是VESTA

lisasever · 发表于 Post on 2023-9-12 09:26:30

sobereva 发表于 2023-9-11 22:16
一看风格就知道是VESTA

好的，谢谢sob老师

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