centos8安装gromacs 2018.8过程中出现了一些问题

Lym · 发表于 Post on 2023-9-22 18:44:01

当前是按照sob老师的帖子在centos8进行安装gromacs 2018.8 版本，并且采用GPU加速，但是出现了一些问题
当前已经安装了cmake3 3.20.2, fftw338, cuda12.2,gcc,g++的版本都是8.5.0
以下是warning提示部分, 还请各位老师指点:

输入 make install -j 后:

abin · 发表于 Post on 2023-9-22 19:43:01

第二张图片，第一行。

Lym · 发表于 Post on 2023-9-22 20:20:37

本帖最后由 Lym 于 2023-9-22 20:33 编辑

abin 发表于 2023-9-22 19:43
第二张图片，第一行。

老师您的意思是说错误是出现在第二张图片的第一行嘛？
出现这个问题是cuda版本安装的不对嘛？我看后面还有一行是说nvcc fatal: unsupported gpu architecture 'compute_30'

我看后面还有一行是说nvcc fatal: unsupported gpu architecture 'compute_30'，查了之前有同学提问过的帖子是说，要将gromacs 下的cmake 里面的gmxManageNvccConfig.cmake 关于#list (APPEND GMX_CUDA_NVCC_GENCODE_FLAGS "-gencode;arch=compute_30,code=sm_30")注释掉，但是我这么操作后，还是在报错。

还麻烦老师您再详细的跟我说一下，麻烦您了。

abin · 发表于 Post on 2023-9-22 22:27:09

https://gitee.com/hpc4you/apps
下载可用。

我没功夫帮您处理……
仔细看教程处理呗。

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-22 23:16:58

用gmx 2022.6结合较新的CUDA toolkit

Lym · 发表于 Post on 2023-9-24 19:15:14

本帖最后由 Lym 于 2023-9-24 19:19 编辑

sobereva 发表于 2023-9-22 23:16
用gmx 2022.6结合较新的CUDA toolkit

sob老师，我已经成功安好了gmx 2022.6(硬件：2个cpu均是：8336C, 32核，64线程；GPU:4080).并且顺利的能跑任务了，但是我感觉当前这个软件使用gpu的效率,cpu的效率不是很高。我每次只提交一个任务。提交的命令行： gmx mdrun -deffnm a -pin on -pinoffset 0 -ntmpi 1 -ntomp 32 -gpu_id 0 -bonded cpu -nb gpu -pme gpu -v
体系含有的原子数302616个，mdp文件设置如下:

md.mdp (1.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
请问进一步应该如何改善上面的提交的命令行让我的计算效率能够再有一些提升呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-25 01:51:34

Lym 发表于 2023-9-24 19:15
sob老师，我已经成功安好了gmx 2022.6(硬件：2个cpu均是：8336C, 32核，64线程；GPU:4080).并且顺利的能 ...

加上-update gpu再看看
另外，本来此CPU频率就低，必定一定程度制约GPU发挥

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