求助：两个分子之间静电力相互作用（发生包合反应），如何搜索最佳相对位置

lgygdx · 发表于 Post on 2023-9-9 18:50:31

本帖最后由 lgygdx 于 2023-9-9 18:51 编辑

求解大分子（β-环糊精）和一个小分子发生包合反应时，

如何确定包合反应的具体原子点位，及两个分子的最佳空间位置关系？

忘不掉的回忆 · 发表于 Post on 2023-9-9 18:54:16

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=38282

lgygdx · 发表于 Post on 2023-9-9 19:08:34

忘不掉的回忆发表于 2023-9-9 18:54
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577 ...

好的，谢谢
我先看一下molclus的教程

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-9 22:18:27

更具体来说，优先推荐genmer+molclus的组合
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

lgygdx · 发表于 Post on 2023-9-13 19:50:31

sobereva 发表于 2023-9-9 22:18
更具体来说，优先推荐genmer+molclus的组合
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷 ...

要达到的目的类似于《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》这个帖子里的例子“Guanine-Cytosine碱基对范德华表面穿透图”的效果。
教程中的这句话“在产生输入文件过程中一定要记住，只需要对复合物进行优化”，这句话中对复合物优化是使用“genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具”这个方法吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-13 21:54:39

lgygdx 发表于 2023-9-13 19:50
要达到的目的类似于《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》这个帖子 ...

可以用，但不是必须的。
仅当你不知道两个分子以什么方式结合后是最稳定（能量最低）的，而且你就是想研究最稳定结构下的静电相互作用，那才必须得用molclus做构型搜索。比如如果你已经凭直觉能估计出你想要研究的二聚体结构大致是什么样，可以直接GaussView里摆个合适的初猜然后优化就行了。

lgygdx · 发表于 Post on 2023-9-14 16:46:11

sobereva 发表于 2023-9-13 21:54
可以用，但不是必须的。
仅当你不知道两个分子以什么方式结合后是最稳定（能量最低）的，而且你就是想研 ...

研究β环糊精和一个小分子的包合反应，
计划确定两个分子间最低能量的相对位置关系，

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-14 18:54:07

lgygdx 发表于 2023-9-14 16:46
研究β环糊精和一个小分子的包合反应，
计划确定两个分子间最低能量的相对位置关系，

适合用genmer+molclus搜索能量最低构型

lgygdx · 发表于 Post on 2023-9-14 20:29:01

sobereva 发表于 2023-9-14 18:54
适合用genmer+molclus搜索能量最低构型

好的，谢谢
我学习一下molclus

lgygdx · 发表于 Post on 2023-9-15 20:19:15

本帖最后由 lgygdx 于 2023-9-16 14:50 编辑

sobereva 发表于 2023-9-14 18:54
适合用genmer+molclus搜索能量最低构型

硬件环境：

molclus版本：molclus_1.12_Win
运行molclus，载入.xyz文件后闪退（不知道是不是因为文件路径写的不正确），以后再打开molclus后就直接闪退
请问这是哪里做的不对

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-16 00:21:40

lgygdx 发表于 2023-9-15 20:19
硬件环境：

molclus版本：molclus_1.12_Win

仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图

xyz文件格式不对，照下文检查，或者settings.ini里的格式、内容被你改乱了
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477

lgygdx · 发表于 Post on 2023-9-16 14:58:56

sobereva 发表于 2023-9-16 00:21
仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图

xyz文件是从例子里拷出来的，setting.ini没有改动
http://sobereva.com经常无法访问时什么问题，
edge、360，firefox，搜狗都试了

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-18 09:03:05

lgygdx 发表于 2023-9-16 14:58
xyz文件是从例子里拷出来的，setting.ini没有改动
http://sobereva.com经常无法访问时什么问题，
edge ...

你的机子或者网的问题
sobereva.com没有丝毫问题

“例子里拷出来的”是无效描述，连什么例子都不说，仔细看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

搞不清楚就进入cmd后运行molclus，看屏幕上的提示，看不懂就贴截图

lgygdx · 发表于 Post on 2023-9-18 10:19:43

sobereva.com今天可以秒开，丝滑
可能是网络间歇性问题

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[综合交流] 求助：两个分子之间静电力相互作用（发生包合反应），如何搜索最佳相对位置