进行能量最小化时遇到问题(已解决)

ngaoo · 发表于 Post on 2023-9-19 17:16:13

本帖最后由 ngaoo 于 2023-9-22 08:36 编辑

学生进行的是能量最小化。这是学生的命令： gmx grompp -f min.mdp -c mixbox-newbox.gro -p mixbox.top -o em.tpr
运行后出现报错：

这是我的Rhs的itp和mixbox的top文件

mixbox.top (643 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 13)

Rhs.itp (22.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)
老师，这个top文件是我自己手动加的，icloud了每个分子的itp文件。（我参考的是利用sobtop生成的top文件格式改的）
请老师看看哪里有问题？应该怎么改？

zaqxs234 · 发表于 Post on 2023-9-19 18:01:39

把所有itp里面的[ atomtypes ]条目剪切到top文件的[ defaults ]条目下方，[ system ]条目的上方即可。
你这个报错就是指的是你top文件顺序非法了，我以前见过社长有个gromacs拓扑文件的条目组成顺序的，不知道哪里去了

ngaoo · 发表于 Post on 2023-9-19 20:01:42

zaqxs234 发表于 2023-9-19 18:01
把所有itp里面的[ atomtypes ]条目剪切到top文件的[ defaults ]条目下方，[ system ]条目的上方即可。
你 ...

刚才试了也不太行

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-20 03:23:55

老生常谈的问题

ngaoo · 发表于 Post on 2023-9-20 09:01:35

本帖最后由 ngaoo 于 2023-9-20 09:13 编辑

sobereva 发表于 2023-9-20 03:23
老生常谈的问题

老师，运行完出现
There were 5 notesThere were 13 warnings

需要全部检查并排除这些嘛

tsgyls · 发表于 Post on 2023-9-20 11:58:20

ngaoo 发表于 2023-9-20 09:01
老师，运行完出现
There were 5 notesThere were 13 warnings

note可以不用管，warning需要排除，如果没有影响的warning可以忽略。
一般能量最小化不会出现这么多warning

ngaoo · 发表于 Post on 2023-9-20 15:31:12

tsgyls 发表于 2023-9-20 11:58
note可以不用管，warning需要排除，如果没有影响的warning可以忽略。
一般能量最小化不会出现这么多warn ...

Atomtype ho was defined previously (e.g. in the forcefield files), and
  has now been defined again. This could happen e.g. if you would use a
  self-contained molecule .itp file that duplicates or replaces the
  contents of the standard force-field files. You should check the contents
  of your files and remove such repetition. If you know you should override
  the previous definition, then you could choose to suppress this warning
  with -maxwarn.
这种Warning怎么排除？他说我在定义原子类型时出现了重复定义的情况，我的四个分子的itp让我给整合在一个itp里面然后被icloud进去了

tsgyls · 发表于 Post on 2023-9-20 16:46:56

ngaoo 发表于 2023-9-20 15:31
Atomtype ho was defined previously (e.g. in the forcefield files), and
has now been defined ag ...

[ atomtypes ]
; name at.num    mass    charge ptype    sigma (nm) epsilon (kJ/mol)
oh          8 15.999405 0.000000 A    3.066473E-01 8.803136E-01
ca          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
os          8 15.999405 0.000000 A    3.000012E-01 7.112800E-01
c          6 12.010736 0.000000 A    3.399670E-01 3.598240E-01
o          8 15.999405 0.000000 A    2.959922E-01 8.786400E-01
ho          1    1.007941 0.000000 A    0.000000E+00 0.000000E+00
ha          1    1.007941 0.000000 A    2.599642E-01 6.276000E-02
报错，大概是说你的这个里面有两行ho的参数，是不是你后来又重复加了一个ho

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-21 03:00:58

ngaoo 发表于 2023-9-20 15:31
Atomtype ho was defined previously (e.g. in the forcefield files), and
has now been defined ag ...

ho被重复定义了。如果几次对ho的定义都一样，可以不用管warning，程序会用最后一次的。如果嫌碍眼，删掉重复定义的地方

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