计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 35678|回复 Reply: 36
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] IRC产物拿出来OPT,结构变形

[复制链接 Copy URL]

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

本帖最后由 小书童 于 2016-1-24 17:20 编辑

对算好的过渡态进行IRC路径分析,得到的了反应物和产物,与振动趋势相同。将产物(中间体)拿出来OPT,结构优化的结果结构扭曲了。
想请问老师这个是为什么呢?怎么产物优化后会变化这么大呢?可能是哪里出了问题呢?

产物.jpg (52.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 138)

IRC曲线的产物正面图

IRC曲线的产物正面图

产物IRC.jpg (16.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 116)

IRC曲线的产物

IRC曲线的产物

产物OPT.jpg (17 KB, 下载次数 Times of downloads: 124)

IRC拿出来OPT的产物

IRC拿出来OPT的产物

NO-CC-HCN-IM1-OPT.gjf

2.03 KB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 6

产物结构优化输入

NO-CC-HCN-IM1-OPT.log

1.36 MB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 7

产物结构优化输出

NO-CC-HCN-TS-1.gjf

1.98 KB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 7

过渡态寻找输入

NO-CC-HCN-TS-1.log

1.02 MB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 8

过渡态寻找输出

NO-CC-HCN-TS1-IRC.gjf

2.39 KB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 8

IRC输入

NO-CC-HCN-TS1-IRC.log

1.46 MB, 阅读权限: 1, 下载次数 Times of downloads: 26

IRC输出

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
believeht + 5 谢谢分享

查看全部评分 View all ratings

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2016-1-21 12:22:32 | 只看该作者 Only view this author
优化后的结构有虚频没有?没虚频说明极小点就是那样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-22 10:40:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-21 12:22
优化后的结构有虚频没有?没虚频说明极小点就是那样

优化过的结构没有虚频。那么老师出现这个现象(IRC的结构和IRC拿出来优化的结构相差较多)的原因可能是什么呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2016-1-22 18:01:27 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-22 10:40
优化过的结构没有虚频。那么老师出现这个现象(IRC的结构和IRC拿出来优化的结构相差较多)的原因可能是什 ...

优化时候步长上限设小一点看看。
或许平面翻转过程是一个过渡态,优化的时候跑到的是那个极小点。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-24 17:23:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-22 18:01
优化时候步长上限设小一点看看。
或许平面翻转过程是一个过渡态,优化的时候跑到的是那个极小点。

老师,问题还是没有解决。我把我找过渡态的ts输入输出文件以及IRC和OPT的输入输出文件都上传上来了,您看看这里面会有什么问题吗?求您指点一下,思索了很久还是解决不了。IRC两段应该连的是产物和中间体(产物),这两个都是局部极小值,是较稳定的,结构优化应该没问题,不会偏差太大。而且我看了过渡态的虚频振动方向指向产物和反应物,不应该出现现在从IRC里面拿出来结构优化变形的问题的。还是求老师帮帮忙!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2016-1-24 17:50:07 | 只看该作者 Only view this author
有的用B3LYP,有的用B3PW91,别混用,都用B3LYP。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-24 18:50:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小书童 于 2016-1-24 18:52 编辑
sobereva 发表于 2016-1-24 17:50
有的用B3LYP,有的用B3PW91,别混用,都用B3LYP。

之前统一用B3PW91出现这个问题,后来自己瞎猜是不是B3LYP找IRC会好点,然后改成B3LYP的。求老师再看看是不是其他的地方有问题?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2016-1-25 07:53:04 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-24 18:50
之前统一用B3PW91出现这个问题,后来自己瞎猜是不是B3LYP找IRC会好点,然后改成B3LYP的。求老师再看看是 ...

先全都用B3LYP算算再说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-25 11:09:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-25 07:53
先全都用B3LYP算算再说

好的,我试试,有消息了告诉您。谢谢老师的指导!

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-29 17:21:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-25 07:53
先全都用B3LYP算算再说

老师,我全用B3LYP做了,过渡态和IRC分析以及OPT都是每一步都计算力矩阵了,但是优化中间体的时候还是变形了,和IRC拿出来的结构具有较大的差异。

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2016-1-29 18:00:13 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-29 17:21
老师,我全用B3LYP做了,过渡态和IRC分析以及OPT都是每一步都计算力矩阵了,但是优化中间体的时候还是变 ...

计算不是很耗时的话,IRC用maxpoints跑的长一点,比如maxpoints=50,可以只跑你关心的那一边,观察路径中的变化趋势,如果有变形,那变形结构就是对的。实验上的平面可能是平均化的结果(类比H2O2实验上没有手性)。

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-29 19:24:29 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-1-29 18:00
计算不是很耗时的话,IRC用maxpoints跑的长一点,比如maxpoints=50,可以只跑你关心的那一边,观察路径中 ...

Li老师,IRC是自动停的正常结束,两边都到极小值点才会结束计算。我非常不理解的是我观察了TS的虚频振动方式,就是两个N原子有相互吸引的运动趋势,不涉及整体的变形,那么为什么将IRC曲线中拿出来的结构进行优化会变形了呢?这说明我找的过渡态不对吗,可是明明已经指向了反应的路径了。

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

13#
发表于 Post on 2016-1-29 19:37:29 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-1-29 19:24
Li老师,IRC是自动停的正常结束,两边都到极小值点才会结束计算。我非常不理解的是我观察了TS的虚频振动 ...

IRC到Maxpoints和极小点都会结束。一般的设置都跑到极小点的不多。确认一下。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

14#
发表于 Post on 2016-1-29 20:29:24 | 只看该作者 Only view this author
如果IRC点数设得很多,跑到程序提示找到极小点时结构还是平的,那就拿那个结构直接做振动分析,看看有无虚频。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

407

帖子

0

威望

856

eV
积分
1263

Level 4 (黑子)

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-30 10:02:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小书童 于 2016-1-30 10:08 编辑
sobereva 发表于 2016-1-29 20:29
如果IRC点数设得很多,跑到程序提示找到极小点时结构还是平的,那就拿那个结构直接做振动分析,看看有无虚 ...

老师结构频率分析完成了,有虚频,而且虚频正是变形的方向。那么,对于这个问题可能的原因是什么呢?我的过渡态不对吗?

NO-CC-HCN-IM1-Freq.log

292.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

频率分析

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 18:33 , Processed in 0.199420 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list