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[GROMACS] 请问做氢键统计时为什么一般要求距离小于3.5埃 ?是否有具体参考文献

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楼主
请问做氢键统计时为什么一般要求距离小于3.5埃?可以定义为4吗?有没有具体相关文献推荐阅读?谢谢!

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发表于 Post on 2023-10-5 14:52:05 | 只看该作者 Only view this author
3.5已经比较宽松了,是广为接受的值。4就太宽松了
了解下平衡结构下的常见类型氢键键长便知
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发表于 Post on 2023-10-5 14:53:55 | 只看该作者 Only view this author
10.1351/PAC-REC-10-01-02
我之前在这篇文献中看到的,氢键的键长一般小于两个原子的范德华半径之和。然后能形成的氢键的元素也没有很多,他们的范德华半径之和最大也应该就在3.5埃左右。范德华半径有人也总结过:

范德华半径.pdf

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发表于 Post on 2023-10-5 19:29:53 | 只看该作者 Only view this author
我有这样疑问,形成氢键的两个水分子,它们之间最近的原子距离小于多少时,可以认为开始有斥力了呢?
又菜又爱玩

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