纤维素链条在能量极小化后结构出现了大幅改变，这是否正常？

huashang

各位老师好，我利用脚本生成了多条纤维素链的pdb文件，之后又利用amber的tleap模块产生基于glycam力场的top文件，之后在进行能量极小化后，本来笔直的纤维素链在能量极小化后变得扭曲起来。之后我去检查top文件，发现在生成纤维素top文件时，忽略了如下的一些警告。
Loading PDB file: ./crystal.pdb
  total atoms in file: 609
> saveamberparm xws xws.top xws.crd
Checking Unit.
Warning: There is a bond of 11.619075 angstroms between:
Warning: There is a bond of 9.225325 angstroms between:
Warning: There is a bond of 9.225325 angstroms between:
Warning: There is a bond of 11.592707 angstroms between:
Note: Ignoring the warnings from Unit Checking.
Building topology.
Building atom parameters.
Building bond parameters.
Building angle parameters.
Building proper torsion parameters.
Building improper torsion parameters.
total 0 improper torsions applied
Building H-Bond parameters.
Incorporating Non-Bonded adjustments.
Not Marking per-residue atom chain types.
Marking per-residue atom chain types.
(no restraints)

我的问题是：
1.是不是因为我没有解决这些警告，导致我的纤维素结构出现了巨大改变？


2.我该如何处理这些警告？

Serious

1）你上传的pdb文件和tleap的输入"crystal.pdb"是一样的吗？
2）不知道“扭曲”是指什么；
3）可以先做单链的能量最小化，看看变化；

huashang

Serious 发表于 2023-10-14 10:50
1）你上传的pdb文件和tleap的输入"crystal.pdb"是一样的吗？
2）不知道“扭曲”是指什么；
3）可以先做单 ...

不好意思，是我考虑不周
1.我上传的pdb文件是使用tleap保存出来的，和我载入的pdb文件结构相同，在这附上我的原文件。
2.扭曲指的是能量极小化后纤维素链由直链变为了弯链，结构发生了大幅改变，见示意图。
3.单链的能量极小化后，也会发生同样的扭曲。

Frozen-Penguin

根据tleap的提示，有一些键的长度明显偏大，可能是因为pdb和力场文件的要求不匹配。
用VMD打开tleap产生的prmtop文件，文件类型选择amber parm7，然后再载入PDB，这样就会显示prmtop文件中的化学键，从而找出异常的键并进一步排查。

Serious

huashang 发表于 2023-10-14 11:52
不好意思，是我考虑不周
1.我上传的pdb文件是使用tleap保存出来的，和我载入的pdb文件结构相同，在这附 ...

1）你仔细看看输入"crystal.pdb"，原子编号错乱，相同坐标能有多个单体；
2）由不好的输入导致tleap生成的结构，unit排序不是连贯的：比如结构上本应编号为2的糖，在pdb文件中却为3，所以tleap才有warning；

huashang

Serious 发表于 2023-10-15 11:00
1）你仔细看看输入"crystal.pdb"，原子编号错乱，相同坐标能有多个单体；
2）由不好的输入导致tleap生成 ...

我将原子编号重新进行排序，依然出现了警告

huashang

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-14 12:52
根据tleap的提示，有一些键的长度明显偏大，可能是因为pdb和力场文件的要求不匹配。
用VMD打开tleap产生的 ...

多谢，我按照你提供的方法，发现了异常的化学键，我该如何解决，我并不清楚变成这样的原因。

Frozen-Penguin

huashang 发表于 2023-10-15 15:31
多谢，我按照你提供的方法，发现了异常的化学键，我该如何解决，我并不清楚变成这样的原因。

在tleap中加载力场后，使用saveoff命令可以保存残基的信息，例如

1. source leaprc.GLYCAM_06j-1
   
2. saveoff 4GB 4GB.lib
   
3. quit

复制代码

可以看到ROH残基的O1原子与下一个残基相连，
4GB残基的C1原子与上一个残基相连，O4原子与下一个残基相连，
0GB残基的C1原子和上一个残基相连。
根据这些原子的坐标可以看出，3个4GB残基的顺序反了。