gaussian几何优化收敛了，频率计算无虚频，为什么分子结构长得不一样？

Xulx2022 · 发表于 Post on 2023-5-22 16:47:07

想复现某文章中肾上腺素的结果，用同样的基组同样的方法pbepbe/6-311g(d,p)，几何优化和频率计算都是4个yes，也没有虚频。分子结构怎么和文章长得不一样？比如那两个羟基的方向完全不一样。

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-5-22 16:54:13

本帖最后由 zjxitcc 于 2023-5-22 16:56 编辑

因为opt功能只能找到初始结构附近的局域极小点，所以初始结构需要尽可能合理、能量低，你现在落到了局域极小点里，不是全局极小点，一般来说无伤大雅。但对于明显一眼能看出存在能量更低结构的小分子，还是应该优化到尽可能能量低的构象。

具体地说，你需要在GaussView里转动苯环上相邻的2个羟基，使2个羟基之间有氢键；还要转动卞位的羟基，使它的O-H键尽可能与N原子接近，形成可能的氢键，然后去做结构优化，会得到比你现在更低的局域极小点（同时可能是全局极小点）。

对于更复杂的分子，如果要找全局极小点，要用构象搜索程序进行搜索（当然了，并不总是需要全局极小点，取决于研究目的）。

Xulx2022 · 发表于 Post on 2023-5-23 10:55:21

zjxitcc 发表于 2023-5-22 16:54
因为opt功能只能找到初始结构附近的局域极小点，所以初始结构需要尽可能合理、能量低，你现在落到了局域极 ...

谢谢老师您的耐心解答，我听懂了。

刚接触化学，问这个问题前纠结了好久，怕大佬笑话我哈哈哈

杉杉JY · 发表于 Post on 2023-5-28 18:31:31

zjxitcc 发表于 2023-5-22 16:54
因为opt功能只能找到初始结构附近的局域极小点，所以初始结构需要尽可能合理、能量低，你现在落到了局域极 ...

请问构象的搜索程序是哪个？

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-5-28 18:39:12

杉杉JY 发表于 2023-5-28 18:31
请问构象的搜索程序是哪个？

一箩筐啊，比如
ABCluster
http://zhjun-sci.com/software-abcluster-download.php
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... highlight=ABCLUSTER

Molclus http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

自己写脚本从MD轨迹里取结构也行。

Xulx2022 · 发表于 Post on 2023-10-15 01:25:48

杉杉JY 发表于 2023-5-28 18:31
请问构象的搜索程序是哪个？

用站长开发的Molclus就非常方便，主要是还灵活

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[新手求助] gaussian几何优化收敛了，频率计算无虚频，为什么分子结构长得不一样？