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[新手求助] 双氧水和碘单质生成次碘酸的过渡态报错

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最近在算1分子H2O2和1分子I2生成2分子次碘酸(HOI)的过渡态,尝试改过初猜结构以及输入语句,但总是报错,计算用的m062x方法以及LANL08(d)和6-311g*的混合基组,输入语句如下,输出的报错如下,输入gif文件和输出log文件如下,请老师们指导下。

202311201548075494..png (58.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

202311201548075494..png

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TS-HOI.gjf

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发表于 Post on 2023-11-20 16:45:29 | 只看该作者 Only view this author
考虑:
(1)机理真有这么粗暴吗?
(2)是开壳层单重态的可能性。
(3)应该先做键长固定的限制性优化,成功后再放开限制找过渡态。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2023-11-20 17:13:14 | 只看该作者 Only view this author
这种反应的机理肯定早就已经有人研究过了,建议先查文献的机理是怎么画的。
并不是所有反应都是把反应物分子凑在一起就能优化过渡态的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2023-11-20 21:00:31 | 只看该作者 Only view this author
看评论估计楼主是把两个分子并排摆的。建议:

1. 楼主做了碘加成的多个反应,为了摆对加成方向,有必要搞清卤键的定义;
2. 第一个反应步骤对于碘很可能是歧化反应,需要考虑另一端的碘去连接亲电还是亲核的受体;
3. 考虑是酸性还是碱性条件有利,以及是否怎么加显式溶剂分子。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-25 16:04:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-20 17:13
这种反应的机理肯定早就已经有人研究过了,建议先查文献的机理是怎么画的。
并不是所有反应都是把反应物分 ...

看文献没找到讲这个机理的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-25 16:05:22 | 只看该作者 Only view this author
dnlx 发表于 2023-11-20 21:00
看评论估计楼主是把两个分子并排摆的。建议:

1. 楼主做了碘加成的多个反应,为了摆对加成方向,有必要 ...

想问下您高斯可以看电子云密度嘛?

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发表于 Post on 2023-11-25 17:18:40 | 只看该作者 Only view this author
jaywang7 发表于 2023-11-25 09:04
看文献没找到讲这个机理的

那应该去查类似的反应,例如Br2和H2O2反应,I2和tBuOOH反应,等等。
另外还要注意搜索的关键词,如果一篇文章自始至终都是用H2O2这个分子式指代H2O2的,那你搜hydrogen peroxide就有可能搜不到,反之亦然。类似地,如果文献比较老,对于反应、机理的描述都是用文字而非反应式描述的,那么用reaxys等搜反应的工具可能搜不到
Zikuan Wang
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Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
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主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2023-11-26 03:08:59 | 只看该作者 Only view this author
jaywang7 发表于 2023-11-25 16:05
想问下您高斯可以看电子云密度嘛?

Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
看里面Q45
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-11-26 09:43:16 | 只看该作者 Only view this author
ORCA B97-3c CPCM(water) NEB-TS找到的过渡态。没有去消除4号氧原子转动导致的虚频。两个次碘酸根的只有一个氧是直接来自过氧化氢。

过渡态的形状看似出乎意料,但是完全可以按照卤键和sigma hole的性质来理解。卤键位置用的是氢氧根,如果用水分子,多余的氢离子会连接到2号碘上面,从而降低1号碘的电子密度、增加反应能垒。所以这个反应是碱性条件有利。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-26 17:47:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-25 17:18
那应该去查类似的反应,例如Br2和H2O2反应,I2和tBuOOH反应,等等。
另外还要注意搜索的关键词,如果一 ...

好的 谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-26 17:48:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-26 03:08
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
看里面Q45

好的 谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-26 17:53:57 | 只看该作者 Only view this author
dnlx 发表于 2023-11-26 09:43
ORCA B97-3c CPCM(water) NEB-TS找到的过渡态。没有去消除4号氧原子转动导致的虚频。两个次碘酸根的只有一 ...

好的 非常感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-26 19:23:19 | 只看该作者 Only view this author
dnlx 发表于 2023-11-26 09:43
ORCA B97-3c CPCM(water) NEB-TS找到的过渡态。没有去消除4号氧原子转动导致的虚频。两个次碘酸根的只有一 ...

这样的话我是不是可以考虑用两个双氧水来参与反应,每个碘夺取每个双氧水的一个-OH,然后反应生成两个次碘酸加一个新生成的双氧水呢?

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发表于 Post on 2023-11-26 21:41:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dnlx 于 2023-11-26 21:49 编辑
jaywang7 发表于 2023-11-26 19:23
这样的话我是不是可以考虑用两个双氧水来参与反应,每个碘夺取每个双氧水的一个-OH,然后反应生成两个次 ...

除非你用的是纯双氧水(安全角度看,这个基本不可能),否则不应该执着于你说的这个途径,因为它不但显得缺乏化学美感(出现几个多余原子,方程式很罗嗦)、缺乏化学直觉(两个碘之间亲电和亲核的差异变弱了),而且这个途径不会有什么贡献,因为它的电子能垒会高出很多(双氧水作为卤键配体弱于水),自由能垒(非标准浓度)高出更多(双氧水的浓度低于水)。

【另外,你应该使用“评分”和“编辑”功能,避免连续跟贴。】

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-27 19:16:55 | 只看该作者 Only view this author
dnlx 发表于 2023-11-26 21:41
除非你用的是纯双氧水(安全角度看,这个基本不可能),否则不应该执着于你说的这个途径,因为它不但显得 ...

终于算出来了,他是由反应物到中间体到产物,有两步过渡态,太不容易了。

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