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[GROMACS] 复合物分子模拟添加离子时报错:坐标数不匹配

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本帖最后由 sljm 于 2023-10-29 15:12 编辑

在添加离子时运行:gmx grompp -f ions.mdp-c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr –maxwarn 1报错:Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 3286)
             does not match topology (topol.top, 4360)
检查过了拓扑文件[molclus]和各itp中[moleculetype]中的分子数目一致的,差值差1074不知道是不是出现问题在#include "tip4p.itp"这里

unk原子数目11,1AKI原子数目53


前面运行的命令:gmx editconf -f1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
gmx solvate -cp1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top
gmx grompp -f ions.mdp-c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr –maxwarn 1报错

请大家帮忙看看,多谢!



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Snipaste_2023-10-29_14-54-13.png

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1AKI.itp

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1AKI_solv.gro

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tip4p.itp

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topol.top

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-29 16:01:36 | 只看该作者 Only view this author
已解决,spc216三点水不能用tip4p.itp,可以用tip3p.itp

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