本帖最后由 sljm 于 2023-10-29 15:12 编辑
在添加离子时运行:gmx grompp -f ions.mdp-c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr –maxwarn 1报错:Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 3286)
does not match topology (topol.top, 4360)
检查过了拓扑文件[molclus]和各itp中[moleculetype]中的分子数目一致的,差值差1074不知道是不是出现问题在#include "tip4p.itp"这里
unk原子数目11,1AKI原子数目53
前面运行的命令:gmx editconf -f1AKI_processed.gro -o 1AKI_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
gmx solvate -cp1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top gmx grompp -f ions.mdp-c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr –maxwarn 1报错
请大家帮忙看看,多谢!
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