DPD分子模拟相互作用参数问题

xiaojiao228 · 发表于 Post on 2020-9-24 14:02:15

各位老师好，最近用MS在做DPD模拟，其中一项需要计算分子的相互作用力参数，看了一些文献，但都没有详细介绍是从哪里算这个参数，网上的资料也很少，有老师能够指导一下吗

ABetaCarw · 发表于 Post on 2020-9-24 20:37:07

FH 参数？看看MS的Blends模块

xiaojiao228 · 发表于 Post on 2020-9-25 09:43:32

ABetaCarw 发表于 2020-9-24 20:37
FH 参数？看看MS的Blends模块

感谢，看到很多人说这个模块计算出来的很不准确，有一些老师使用AC建立体系，然后使用分子动力学模拟去跑，然后得到。但我用分子动力学模拟完之后，在AC里面查看，AC的Analysic却没有了

naoki · 发表于 Post on 2020-9-25 16:06:25

先跑动力学再算内聚能密度应该可以得到DPD的排斥因子

xiaojiao228 · 发表于 Post on 2020-9-25 16:51:25

naoki 发表于 2020-9-25 16:06
先跑动力学再算内聚能密度应该可以得到DPD的排斥因子

谢谢，发现了这个方法发。我是先在AC模块中，建立一个20个分子的体系，然后对体系在NPT系综下跑100ps的动力学模拟，然后再算内聚能，但是算出来的溶解度参数与实际的差距感觉比较大

naoki · 发表于 Post on 2020-9-26 15:33:03

xiaojiao228 发表于 2020-9-25 16:51
谢谢，发现了这个方法发。我是先在AC模块中，建立一个20个分子的体系，然后对体系在NPT系综下跑100ps的动 ...

20个分子太少，算内聚能密度需要盒子内分子数量多些，至少几百个。

xiaojiao228 · 发表于 Post on 2020-9-27 09:25:53

naoki 发表于 2020-9-26 15:33
20个分子太少，算内聚能密度需要盒子内分子数量多些，至少几百个。

感谢，我今天试一下

xiaojiao228 · 发表于 Post on 2020-9-30 10:08:18

Prediction of Solubility Parameters and Miscibility of Pharmaceutical Compounds by Molecular Dynamics Simulations
找到了一篇文献大家有疑问的可以下载阅读

学！！！ · 发表于 Post on 2021-3-10 23:16:11

同学你好，我在做聚合物间的共混。溶解度参数我已经计算过了，也看了你在下面留言的文章。我现在还是想计算一下F-H参数，主要是考虑计算一下不同质量分数对溶解性的影响，您有什么建议可以给我参考吗？谢谢！

zhangxy · 发表于 Post on 2022-3-14 09:58:09

xiaojiao228 发表于 2020-9-25 09:43
感谢，看到很多人说这个模块计算出来的很不准确，有一些老师使用AC建立体系，然后使用分子动力学模拟去跑 ...

朋友你好，我最近也是需要计算FH参数，也是找不到AC模块的analysis，请问你最后是如何解决的，计算内聚能密度的话是用哪个模块？谢谢

1228456421@qq · 发表于 Post on 2022-3-23 09:34:35

朋友，您好，您是想用混合能计算相互作用参数是吗

ch_pzq1102 · 发表于 Post on 2023-3-18 09:49:00

1228456421@qq 发表于 2022-3-23 09:34
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

您好，请问您可以说明混合能算法大概步骤吗？发现溶解度参数算法不太适用极性物质，但网上混合能算更少了。

Ecust-zy · 发表于 Post on 2023-6-28 20:01:46

请问Synthia模块计算得到的溶解度参数可以直接使用吗？

qiuqiu123 · 发表于 Post on 2023-10-12 10:10:51

Ecust-zy 发表于 2023-6-28 20:01
请问Synthia模块计算得到的溶解度参数可以直接使用吗？

请问您那个synthia 算出来的可以直接用吗

Ecust-zy · 发表于 Post on 2023-10-30 15:08:00

ABetaCarw 发表于 2020-9-24 20:37
FH 参数？看看MS的Blends模块

Forcite 模块里可以计算 cohensive energy density ，结果表格中得到溶解度参数，请问这个方法合理么

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[粗粒化/DPD] DPD分子模拟相互作用参数问题