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[GROMACS] 为什么MD中用gromacs的gmx rdf命令和vmd算的两个组分之间的配位数不一样

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本帖最后由 wgg1181543722 于 2020-4-24 13:30 编辑

老师,我算的体系是浸在水中的CNT,选取CNT中的 钙离子与氧,求Ca-O之间的配位数,我用gmx算出来的是5。而vmd算出来的是6。而通过vmd动图观察,钙离子全程与6个水结合。为什么算出来的不一样呢

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发表于 Post on 2020-4-24 04:17:28 | 只看该作者 Only view this author
没具体信息不好说。VMD里你用了动态选区,而gmx rdf你用的是静态选区,考虑这个是否真的能对应上
并且尝试把rdf曲线图作出来进行对比来分析原因
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发表于 Post on 2020-4-24 09:23:57 | 只看该作者 Only view this author
这明显算的不相同。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-24 12:40:13 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2020-4-24 09:23
这明显算的不相同。

额 请问一下。两种算法,我都选取的是相同的物质,怎么不一样了?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-24 13:00:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-24 04:17
没具体信息不好说。VMD里你用了动态选区,而gmx rdf你用的是静态选区,考虑这个是否真的能对应上
并且尝试 ...

我算的是浸在水中的CNT中的水分子与钙离子,选取的组分都是一样的。我算了CA-OW,CL-OW,CA-CL,OW-OW四种相互作用,刚才对比了一下算出来的结果,rdf是完全重合的,唯一的不同,就是配位数,vmd算出来的要比gmx算出来的大一些。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-24 13:38:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wgg1181543722 于 2020-4-24 13:44 编辑
sobereva 发表于 2020-4-24 04:17
没具体信息不好说。VMD里你用了动态选区,而gmx rdf你用的是静态选区,考虑这个是否真的能对应上
并且尝试 ...

老师 我选取的这部分区域 是密封的,CNT内的水分子与钙是不会从里面出来的。这两个选取的区域 不都是动态的吗 怎么看静态 动态

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发表于 Post on 2020-4-24 14:37:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-4-24 15:09 编辑

你确定你的gmx定义的index弄对了吗?CNT中的水分子你最好用gmx select -on进行选择,并且查看输出的index.ndx中不同时刻的水分子OW编号是否没有变过,即一直在CNT中。还有你说的5或者6是怎么计算得到的也要说一下,因为gmx和vmd好像并没有直接给出配位数是多少。我测试了一下CNT中的水,用gmx和vmd计算得到的一致。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-24 15:25:01 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2020-4-24 14:37
你确定你的gmx定义的index弄对了吗?CNT中的水分子你最好用gmx select -on进行选择,并且查看输出的index.n ...

因为CNT是收尾相连的,管中的水分子是出不来的,index的编号和gro里的是一直对应的 也没变,配位数不是算的时候加个-cn就可以了吗

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发表于 Post on 2020-4-24 15:44:30 | 只看该作者 Only view this author
wgg1181543722 发表于 2020-4-24 15:25
因为CNT是收尾相连的,管中的水分子是出不来的,index的编号和gro里的是一直对应的 也没变,配位数不是算 ...

看起来是那个峰高不一致导致的结果不同。我看你这rdf很粗糙啊,体系平衡好了么?帧数足够么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-24 16:52:29 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2020-4-24 15:44
看起来是那个峰高不一致导致的结果不同。我看你这rdf很粗糙啊,体系平衡好了么?帧数足够么?

是  很奇怪,峰的高度不一样,但最高峰的位置是一致的。因为太大了,我选取的是最后30ns,帧数有点少,所以 不是很光滑

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发表于 Post on 2021-6-4 12:49:08 | 只看该作者 Only view this author
楼主好,我也遇到了一样的问题,用gmx rdf计算出来的配位数总是偏小,请问找到原因了么。谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-22 22:35:25 | 只看该作者 Only view this author
amani73986 发表于 2021-6-4 12:49
楼主好,我也遇到了一样的问题,用gmx rdf计算出来的配位数总是偏小,请问找到原因了么。谢谢

我是弄了半天,我自己整错了,你还是这个问题吗

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发表于 Post on 2023-11-3 20:22:12 | 只看该作者 Only view this author
wgg1181543722 发表于 2021-6-22 22:35
我是弄了半天,我自己整错了,你还是这个问题吗

你好,请问是什么原因呀,最终选择了哪个呀?

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