模拟崩溃后发现与H原子的键有问题

Krg-frank

请教一下各位老师，做限制性动力学(pr)时，模拟崩溃了，根据输出文件(pr.out)的提示,发现是部分蛋白质中的H与其他原子(C,N,O)形成的键有问题，但是不知道该从何处下手来解决这个问题。
整个体系是两个蛋白质(1od5,1uij)和两个有机配体(FDL,PAF),其中1od5是双链，1uij有六条链，
两个蛋白质的top,itp文件是提高gmx pdb2gmx得到，两个有机配体是通过sobtop联合openbabel生成的top,itp,gro文件
100个FDL.100个PAF,10个1od5，10个1uij，350000个水(三点水spc)
这些分子都是通过gmx insert-molecules插入的，为了能够将这些分子快速插入盒子，我将盒子的尺寸设的大一点了，后期想再做NPT模拟，再把盒子缩小到合适的尺寸。
先做了能量极小化(em),输出文件(em.out)除了关于硬件方面的提示之外，对于体系没有报错。然后按照GMX培训班3ATL的里的思路，做了限制性动力学，然后模拟就崩溃了。
em.mdp和pr.mdp都是复制自gmx培训班3ATL里的
gromacs的版本是2018.8mpi版，具体计算是在超算平台上进行的
关于grompp 形成的总的top文件、em.gro文件和pr模拟崩溃后形成的step0b.pdb文件因文件较大，压缩后上传到了网盘上，大家可以下载帮忙看看是哪里出来问题
虽然知道是内在结构出了问题，但是不知道该具体从那个方面来解决这个问题。