如何对N端乙酰基C端氨基保护的端基残基进行二级结构判断？

Jimili · 发表于 Post on 2023-11-1 23:07:26

DSSP和STRIDE处理天然蛋白质未保护的端基残基时会把两个端基残基识别为Coil结构。而类似N端乙酰基C端氨基保护的端基残基，由于多了一对可形成氢键的肽键，是不是理论上也能通过DSSP和STRIDE等算法识别？但是原生的DSSP和STRIDE程序似乎不支持这种功能。有老师做过或看到过类似的情况是如何分析的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-2 06:27:39

不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里问同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的论坛新社员必读贴。下次直接删帖扣分处理

群里我都回了：

普遍都是根据phi、psi角判断的二级结构。你自己量一下这两个角度，照着rama图里phi/psi与二级结构的对应关系自行判断就完了

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[综合交流] 如何对N端乙酰基C端氨基保护的端基残基进行二级结构判断？