GROMACS最终动力学完成后没有产生xtc文件

1764360701 · 发表于 Post on 2023-10-30 15:17:34

最终动力学完成后没有产生xtc文件，前两步平衡结束后都产生了xtc文件，这个文件是最终动力学的mdp文件。

webb · 发表于 Post on 2023-10-30 16:02:56

输出设置添加nstxtcout=***

Wuwei · 发表于 Post on 2023-10-30 16:12:27

; Output frequency and precision for .xtc file
nstxout-compressed = 1000
我在文件中加上这个可以输出xtc文件，相关提示在mdout.mdp中可以找到

tsgyls · 发表于 Post on 2023-10-30 20:12:42

gmx trjconv -f *.trr -o *.xtc
这个指令应该可以从trr提取xtc

Acee · 发表于 Post on 2023-10-31 12:16:57

你这个mdp文件没有设定输出xtc，只能输出trr，需要输出xtc你需要加上
nstxout-compressed = 10000 ;每隔多少ps输出一帧轨迹
compressed-x-grps = system

1764360701 · 发表于 Post on 2023-11-1 09:18:46

Acee 发表于 2023-10-31 12:16
你这个mdp文件没有设定输出xtc，只能输出trr，需要输出xtc你需要加上
nstxout-compressed = 10000 ;每隔多 ...

谢谢

1764360701 · 发表于 Post on 2023-11-1 09:19:22

tsgyls 发表于 2023-10-30 20:12
gmx trjconv -f *.trr -o *.xtc
这个指令应该可以从trr提取xtc

谢谢

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