求助：添加了charmm力场的pdb文件，蛋白文件应用pdb2gmx的amber力场正确嘛

硕风

求助一个问题   我的体系是蛋白和小分子我使用discovery studio添加的charmm力场，然后我把对接结果保存成为了pdb文件，蛋白文件使用gromacs的pdb2gmx的amber力场,然后gromacs没有报错，后续模拟也顺利进行，请问这样做正确嘛，，(尽管原子类型有差别但是顺利模拟了，小分子用的acpype处理的)，， 拓扑文件是amber原子类型  但是gro文件是charmm原子类型

student0618

If you processed the small molecule in acpype and get the topology with GAFF forcefield, you are actually using Amber for protein and GAFF for small molecule. Amber+GAFF is fine.

If it is a question on mixing forcefield, Amber and charmm forcefield use different functional forms, not a good idea to mix them...

硕风

是的   多谢回复