求助：添加了charmm力场的pdb文件，蛋白文件应用pdb2gmx的amber力场正确嘛

硕风 · 发表于 Post on 2024-7-1 16:48:39

求助一个问题我的体系是蛋白和小分子我使用discovery studio添加的charmm力场，然后我把对接结果保存成为了pdb文件，蛋白文件使用gromacs的pdb2gmx的amber力场,然后gromacs没有报错，后续模拟也顺利进行，请问这样做正确嘛，，(尽管原子类型有差别但是顺利模拟了，小分子用的acpype处理的)，，拓扑文件是amber原子类型但是gro文件是charmm原子类型

student0618 · 发表于 Post on 2024-7-1 17:06:11

本帖最后由 student0618 于 2024-7-1 17:29 编辑

If you processed the small molecule in acpype and get the topology with GAFF forcefield, you are actually using Amber for protein and GAFF for small molecule. Amber+GAFF is fine.

If it is a question on mixing forcefield, Amber and charmm forcefield use different functional forms, not a good idea to mix them...

硕风 · 发表于 Post on 2024-7-2 16:28:02

是的多谢回复

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[GROMACS] 求助：添加了charmm力场的pdb文件，蛋白文件应用pdb2gmx的amber力场正确嘛

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