计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 397|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 非电中性MD模拟,盒子里产生许多水团簇,这种情况是否正常?

[复制链接 Copy URL]

13

帖子

0

威望

163

eV
积分
176

Level 3 能力者

我想研究一个NA*对核苷酸的影响,考虑到抗衡离子的影响,所以我没有加抗衡离子,进行了一个非电中性模拟,我使用cut-off方法来计算静电相互作用,截断距离为2.0,进行模拟,模拟结果如图所示:

屏幕截图 2023-10-31 173634.png (376.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

屏幕截图 2023-10-31 173634.png

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-11-2 08:38:04 | 只看该作者 Only view this author
同样的计算设定下,先计算不带Na离子的情况,确保没其它地方的问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 15:37 , Processed in 0.445356 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list