xtc轨迹文件输出的PDB异常

1154975925 · 发表于 Post on 2024-11-8 21:32:56

我将gromacs模拟输出的gro文件载入VMD后，再load xtc 文件，之后执行下面的代码输出所有帧的PDB，下图是其中某一帧的PDB，结构是异常的，不知道为啥，下面是我执行的代码
set all [atomselect top "all"]
set nf [molinfo top get numframes]
for { set i 0 } { $i < $nf } { incr i } {
$all frame $i
$all writepdb $i.pdb
}

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-8 21:54:01

弄清楚是不是跨盒子导致键的判断问题导致的

1154975925 · 发表于 Post on 2024-11-9 12:44:00

sobereva 发表于 2024-11-8 21:54
弄清楚是不是跨盒子导致键的判断问题导致的

可是已经PBC了呀

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-9 18:08:40

1154975925 发表于 2024-11-9 12:44
可是已经PBC了呀

莫名其妙
正因为用了PBC，才会出现跨盒子两头的键

1154975925 · 发表于 Post on 2024-11-10 18:41:47

sobereva 发表于 2024-11-9 18:08
莫名其妙
正因为用了PBC，才会出现跨盒子两头的键

我试了一下,没有PBC 也是这种情况，会不会是周期性边界条件没设置好，比如gmx editconf中的d，我这里设置的是1，或许需要调大一些？

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-10 19:06:32

虽然不知为什么要pdb，但trjconv也可以输出pdb哦。

1154975925 · 发表于 Post on 2024-11-11 10:26:34

student0618 发表于 2024-11-10 19:06
虽然不知为什么要pdb，但trjconv也可以输出pdb哦。

和代码效果一样同样存在这个问题

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-11-11 11:00:40

是不是结构中有不同的chain没区分开来

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-11 13:55:58

本帖最后由 student0618 于 2024-11-11 14:01 编辑

也可以试试删掉所有CONECT 行让PyMOL根据距离判断成键。

1154975925 · 发表于 Post on 2024-11-11 16:18:43

student0618 发表于 2024-11-11 13:55
也可以试试删掉所有CONECT 行让PyMOL根据距离判断成键。

里面没有conect

1154975925 · 发表于 Post on 2024-11-11 16:23:55

Seyilaxa 发表于 2024-11-11 11:00
是不是结构中有不同的chain没区分开来

说的很对里面的A B链都变成的X 很奇怪

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-11-12 13:14:29

1154975925 发表于 2024-11-11 16:23
说的很对里面的A B链都变成的X 很奇怪

之前我也遇到过，手动把链标识改过来就行了

1154975925 · 发表于 Post on 2024-11-12 19:39:45

Seyilaxa 发表于 2024-11-12 13:14
之前我也遇到过，手动把链标识改过来就行了

感谢

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[GROMACS] xtc轨迹文件输出的PDB异常