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[GROMACS] (已解决)OPLS力场下无法产生拓扑文件的问题

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本帖最后由 Lance先生 于 2024-8-23 14:52 编辑

请问一下社长,最近在做溶剂化自由能的计算,大概需要计算1000个有机小分子的溶剂化自由能,发现有些有机分子无法产生拓扑,请问该怎么解决?附上结构图

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发表于 Post on 2023-12-5 02:31:06 | 只看该作者 Only view this author
这种体系至少用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)基于GAFF力场是完全可以产生拓扑文件的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-5 19:47:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-5 02:31
这种体系至少用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)基于GAFF力场是完全可以产生拓扑文件的

可是社长,我在做这些分子的溶剂化自由能,水的力场可以用GAFF吗?水的话不是最好用OPLS力场吗?
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发表于 Post on 2023-12-6 07:34:49 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-12-5 19:47
可是社长,我在做这些分子的溶剂化自由能,水的力场可以用GAFF吗?水的话不是最好用OPLS力场吗?

水一律用专门的水模型
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-6 19:48:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-6 07:34
水一律用专门的水模型

是这样的社长,现在这种有机物的OPLS力场下的拓扑文件不能产生,而水分子只能用OPLS力场下的拓扑,所以这种有机物的溶剂化自由能得不到,是吗?
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发表于 Post on 2023-12-7 02:43:31 | 只看该作者 Only view this author
Lance先生 发表于 2023-12-6 19:48
是这样的社长,现在这种有机物的OPLS力场下的拓扑文件不能产生,而水分子只能用OPLS力场下的拓扑,所以这 ...

完全看不懂你的意思
得不到OPLS-AA力场的拓扑文件就甭用OPLS-AA不就完了,用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件多好
用GAFF力场时,可以用gromacs自带的任意AMBER力场目录下的任意水模型的itp文件做模拟,水的力场参数是相应水模型定义的。至少用SPC/E
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发表于 Post on 2023-12-7 03:02:44 | 只看该作者 Only view this author
你先把分子的键连接关系画对,还有你怎么产生拓扑的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-7 14:55:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-7 02:43
完全看不懂你的意思
得不到OPLS-AA力场的拓扑文件就甭用OPLS-AA不就完了,用sobtop(http://sobereva.co ...

学生愚昧,看懂了,谢谢社长
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-7 15:01:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lance先生 于 2023-12-7 19:15 编辑
喵星大佬 发表于 2023-12-7 03:02
你先把分子的键连接关系画对,还有你怎么产生拓扑的

我是用在线的TPPmkTOP和LigParGen产生的,发现有些有机分子始终产生不了OPLS力场下拓扑文件。我有一个误区,就是我以为水分子只能用OPLS力场下的拓扑,现在知道了,谢谢了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-7 19:21:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-7 02:43
完全看不懂你的意思
得不到OPLS-AA力场的拓扑文件就甭用OPLS-AA不就完了,用sobtop(http://sobereva.co ...

社长,我做了一下乙醇的溶剂化自由能,用的是amber03力场,得到的结果是4.04 +/-  1.16,但是乙醇的溶剂化自由能应该是-19左右,您觉得问题可能出现在哪?附上结构以及参数文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-8 09:58:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-7 02:43
完全看不懂你的意思
得不到OPLS-AA力场的拓扑文件就甭用OPLS-AA不就完了,用sobtop(http://sobereva.co ...

社长,您的回复我没看到,请问这种情况应该是哪里的问题?
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