利用Gaussian做势能面扫描与利用力场计算PMF的数据是否具有可比性呢？

社会主义小战士

如题。
各位前辈，想请教一下，既然PMF的意义是对应于反映坐标的自由能，那么通过量化计算的势能面扫描是否可以替代PMF呢？
感谢感谢！！！

ahxb

至少就算用柔性扫描，用Gaussian算出来的也是电子能量，不是自由能。

丁越

势能面扫描得到的是电子能量，并不是自由能，没法体现温度压力等外界因素对能量的影响。但是对于一些简单体系通过势能面扫描和计算PMF得到的结果是类似的，互相具有参照性，比如丙氨酸二肽的以两个二面角psi和phi的能量面，可以看到不论是量化扫描还是通过动力学增强采样，两个最稳定的结构C7eq和C7ax都有出现。
但是实际情况下许多体系你无法通过简单势能面扫描得到扫描变量下的能量面，因为这样的扫描变量就不好构建，所以只能采用各种动力学增强采样手段来计算反应坐标下的自由能面。

丁越

ahxb 发表于 2023-11-3 16:33
至少就算用柔性扫描，用Gaussian算出来的也是电子能量，不是自由能。

柔性和刚性扫描得到的都是电子能量

Daniel_Arndt

PMF中是包含了熵的贡献的，而仅仅做个振动分析不一定能全面地考虑熵的贡献，比如低频振动模式对熵的贡献。简单粗暴的理解方式就是harmonic oscillator approximation不一定适用于所有情况，当然，实际还有更复杂的情况。

sobereva

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）这页ppt