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跑一个含硼原子的聚合物片段（200原子左右）在水中的MD，能量最小化和升温平衡相可顺利进行，跑产生相跑了5 ns后报错，程序提示如图
然后根据社长在sobtop程序主页中的FAQ8排查问题
首先考虑了分子结构和拓扑文件结构是否合理。此处分子结构是先用GFN0-xTB初步优化，再用ORCA的B97-3c基组优化得到。电荷使用RESP电荷。拓扑文件是根据sobtop程序主页例2生成，其中缺失的B原子参数和相关成键参数从文献(Biomacromolecules 2023, 24, 7, 3380–3396)中获取。
把分子放到真空中模拟，使用的.mdp文件为em_nopbc.mdp和md_nopbc.mdp，真空中模拟可顺利跑200ps，观察轨迹未看到异常，初步认为结构和拓扑文件应该合理
接着考虑水相模拟时.mdp文件不合理，升温平衡相可顺利进行，因此尝试增加产生相的控压常数，减小模拟步长，去掉H键约束，仍然报错，观看多条水相中的模拟轨迹，分子均维持正常结构
模拟不是一开始就崩，往往维持一段时间才出问题，自己看不出问题在哪，麻烦各位老师指点
用的程序为gmx2019.6_AVX_CUDA，同时附上B原子的参数
出处：Biomacromolecules 2023, 24, 7, 3380–3396
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LTN-BDBA_opt.itp
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LTN-BDBA_opt.mol2
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em.mdp
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eq.mdp
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prod.mdp
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topol.top
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fix.xtc
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水相中的模拟轨迹
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fix.gro
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水相中的模拟结构
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test.xtc
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真空中的模拟轨迹
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test.gro
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真空中模拟的结构
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发表于 Post on 2023-11-5 00:27:45
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