计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11954|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 做IRC后反应物问题

[复制链接 Copy URL]

205

帖子

0

威望

1732

eV
积分
1937

Level 5 (御坂)

我找到了一个过渡态TS1,用GV看vibrations发现是OH与NO2的O原子基团成键和靠近左边物质PSO的一个过渡态。然后我分别往两边走IRC, IRC曲线没问题,便取两端的结构进行优化。对于反应物,PSO与HOONO复合物的结构IRC-rea,发现和原先优化的复合物OPT1的结构(PSO与HOONO,关键词均为opt 6-31+g(d) freq m062x int=ultrafine)不同,差16kcal/mol,这是由什么原因导致的呢?可能是OPT1还对应着另外的TS么?一般对于IRC曲线两端产物反应物结构与原先优化结构存在差异的问题,一般如何解决呢?谢谢了

TS1-1.png (22.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)

过渡态运动趋势1

过渡态运动趋势1

TS1-2.png (23.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 61)

过渡态运动趋势2

过渡态运动趋势2

OPT-gjf.png (35.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

OPT-gjf.png

OPT-log.png (48.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 49)

OPT-log.png

IRC-rea.png (58.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

IRC-rea.png

energy.png (12.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 58)

IRC曲线一端的反应物与原先OPT优化后结构的能量比较

IRC曲线一端的反应物与原先OPT优化后结构的能量比较

IRC.png (16.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

IRC.png
Shanghai JiaoTong University
欢迎关注我的推送号:AI计算生化

205

帖子

0

威望

1732

eV
积分
1937

Level 5 (御坂)

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-2 09:52:57 | 只看该作者 Only view this author
自己顶下帖子,想了几天,感觉是这样。IRC下来的是TS沿反应坐标下来的两个能量最低点,即反应物和产物,是对应于该TS而言的。IRC给出的最低点并不保证是能量最低的反应物或产物结构。还请高人指点下。
Shanghai JiaoTong University
欢迎关注我的推送号:AI计算生化

12

帖子

0

威望

291

eV
积分
303

Level 3 能力者

3#
发表于 Post on 2018-3-27 16:21:05 | 只看该作者 Only view this author
我觉得应该把氢加极化然后IRC再跑一些点,平稳后再优化,如果结构还不同,那应该最初预想的反应复合物不正确,中间差中间体。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2018-3-28 18:43:19 | 只看该作者 Only view this author
把IRC尽量跑长,然后对末端结构优化的时候把步长上限设小,如果还是和之前优化出来的结构不同,说明本身TS就不是直接连接之前优化出的结构,之间还有中间体
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

205

帖子

0

威望

1732

eV
积分
1937

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-30 19:22:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-28 18:43
把IRC尽量跑长,然后对末端结构优化的时候把步长上限设小,如果还是和之前优化出来的结构不同,说明本身TS ...

谢谢Sob老师的回答,参加完这次基础量化班,对于几何优化,过渡态搜索有了更多的理解
Shanghai JiaoTong University
欢迎关注我的推送号:AI计算生化

205

帖子

0

威望

1732

eV
积分
1937

Level 5 (御坂)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-30 19:26:41 | 只看该作者 Only view this author
ysr9868 发表于 2018-3-27 16:21
我觉得应该把氢加极化然后IRC再跑一些点,平稳后再优化,如果结构还不同,那应该最初预想的反应复合物不正 ...

谢谢回答,左边的IRC曲线确实不够平稳
Shanghai JiaoTong University
欢迎关注我的推送号:AI计算生化

205

帖子

0

威望

1732

eV
积分
1937

Level 5 (御坂)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-31 20:42:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-28 18:43
把IRC尽量跑长,然后对末端结构优化的时候把步长上限设小,如果还是和之前优化出来的结构不同,说明本身TS ...

老师,您说的中间体是指存在于PSO-PN-complex与IRC-rea之间吗?
Shanghai JiaoTong University
欢迎关注我的推送号:AI计算生化

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2018-3-31 20:58:17 | 只看该作者 Only view this author
lijiayisjtu 发表于 2018-3-31 20:42
老师,您说的中间体是指存在于PSO-PN-complex与IRC-rea之间吗?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

95

帖子

0

威望

187

eV
积分
282

Level 3 能力者

9#
发表于 Post on 2023-11-27 19:15:39 | 只看该作者 Only view this author

sob老师 我的反应也是这个情况从反应物到中间体到产物 我这两步都算出来了想问下您从反应物到中间体叫做一步过渡态,从中间体到产物是一步过渡态。这个反应有一个中间体两部过渡态,可以这样来形容这个反应吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2023-11-27 23:25:05 | 只看该作者 Only view this author
jaywang7 发表于 2023-11-27 19:15
sob老师 我的反应也是这个情况从反应物到中间体到产物 我这两步都算出来了想问下您从反应物到中间体叫做 ...

两个基元反应构成的复合反应,也可以说是两步反应,每个基元反应都有一个过渡态。没有“一步过渡态”这种词
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

95

帖子

0

威望

187

eV
积分
282

Level 3 能力者

11#
发表于 Post on 2023-11-28 21:28:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-27 23:25
两个基元反应构成的复合反应,也可以说是两步反应,每个基元反应都有一个过渡态。没有“一步过渡态”这种 ...

好的

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-18 14:21 , Processed in 0.172785 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list