sobtop创建的配体小分子拓扑结构在md时跑散导致模拟崩溃

hdhxx123 · 发表于 Post on 2024-11-4 19:53:09

模拟蛋白-配体体系时，用sobtop创建小分子拓扑文件，用GAFF指认原子类型，使用了RESP2电荷。在em和pr中均无明显问题，但在md过程中小分子反复跑散导致模拟崩溃，目前想咨询一下有什么方法可以防止让小分子跑散模拟崩溃？

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-4 21:41:55

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

小分子+水跑成功了再说跑复合物的事

hdhxx123 · 发表于 Post on 2024-11-5 19:22:32

本帖最后由 hdhxx123 于 2024-11-5 19:24 编辑

ok,谢谢,后续用sobtop基于Hessian生成键长键角项后基本解决了问题，应该是GAFF支持的P原子相关的键长键角项遇到环状体系描述得不够合理导致的。
另还想问一下，sobtop基于的Hessian对计算级别有要求吗？目前是80原子在B3LYP def2svp em=gd3bj级别下计算得到的。

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[GROMACS] sobtop创建的配体小分子拓扑结构在md时跑散导致模拟崩溃