如何应用Shermo 替换低频振动计算自由能矫正

ll1274091070 · 发表于 Post on 2020-11-11 18:03:03

本帖最后由 ll1274091070 于 2020-11-12 06:51 编辑

社长好，近期在用Shermo计算高斯过渡态（90901-cr_pnp_q9_052_1ts.log）自由能矫正及构象熵分析。遇到以下问题:
在setting里设置ilowfreq=1, ravib =100 (setting1.txt)，运行Shermo 90901-cr_pnp_q9_052_1ts.log，得到输出参数为Thermal correction to G: 1442.920 kJ/mol 344.866 kcal/mol 0.549579 a.u. （Result1.txt）

与课题组原脚本比较后，进行相同的低频替换操作后，得到的Thermal correction to G 为 1447.2344 KJ/mol (Result2.txt)
发现得到的自由能矫正不同后，我手动将log文件中的低频振动改为100cm-1，得到手动修正后的log文件（90901-cr_pnp_q9_052_1ts-mod.log). 设置setting 中 ilowfreq=0 (setting2.txt) 或者ilowfreq=1, ravib =100，运行 Shermo 90901-cr_pnp_q9_052_1ts-mod.log后，得到输出参数均为 Thermal correction to G: 1447.233 kJ/mol 345.897 kcal/mol 0.551222 a.u. (Result3.txt)
手动替换后的热力学矫正与课题组原脚本一致，与Result1.txt 中的结果大概有1 kcal/mol 的差异。
因此想请教一下社长为什么会存在这样的区别？是我哪里的设置或者操作问题吗？
谢谢社长

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-13 08:44:38

ilowfreq=1, ravib =100 和“低频振动改为100cm-1”原理上是明显不同的。前者只是在计算U(T)-U(0)、熵、热容的时候起到效果，而后者则也会影响ZPE。后者的做法是不妥的，对于ZPE来说原理上并不需要做这种人为处理。详见Shermo手册里“Quasi-RRHO treatment for low frequencies”部分的讨论。

ll1274091070 · 发表于 Post on 2020-11-13 11:39:39

sobereva 发表于 2020-11-13 08:44
ilowfreq=1, ravib =100 和“低频振动改为100cm-1”原理上是明显不同的。前者只是在计算U(T)-U(0)、熵、热 ...

谢谢社长，但是为啥 result1 和 result2 中的自由能矫正项的数据是不同的呢？
（如果只关心自由能矫正这一项，”ilowfreq=1, ravib =100” 和“低频振动改为100cm-1” 应该也会得到相同的自由能矫正数值吧）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-13 14:39:10

ll1274091070 发表于 2020-11-13 11:39
谢谢社长，但是为啥 result1 和 result2 中的自由能矫正项的数据是不同的呢？
（如果只关心自由能矫 ...

U = Eele + ZPE + U(0->T), H = U + pV, G = H - TS，自由能校正指的是G-Eele，所以本身就包括ZPE校正。

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-14 02:55:42

ll1274091070 发表于 2020-11-13 11:39
谢谢社长，但是为啥 result1 和 result2 中的自由能矫正项的数据是不同的呢？
（如果只关心自由能矫 ...

自由能热校正量 = ZPE + 从0K升温导致自由能的变化量

ll1274091070 · 发表于 Post on 2020-11-15 10:57:40

好嘞，我再仔细瞅瞅热力学公式

gaoming · 发表于 Post on 2023-11-26 18:02:44

sobereva 发表于 2020-11-13 08:44
ilowfreq=1, ravib =100 和“低频振动改为100cm-1”原理上是明显不同的。前者只是在计算U(T)-U(0)、熵、热 ...

sob老师，请问我计算H2自由能用shermo分析的时候得到的熵为零，温度设置为300了，不知道是哪里出错了

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-26 20:13:04

gaoming 发表于 2023-11-26 18:02
sob老师，请问我计算H2自由能用shermo分析的时候得到的熵为零，温度设置为300了，不知道是哪里出错了

上传settings.ini和输入文件

gaoming · 发表于 Post on 2023-11-28 15:48:43

sobereva 发表于 2023-11-26 20:13
上传settings.ini和输入文件

已上传，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-29 00:28:31

gaoming 发表于 2023-11-28 15:48
已上传，谢谢sob老师

你把imode设成了1，因此不会考虑平动和转动对熵的贡献。再加上当前300K的条件下无法令H2有不可忽略的振动态的热激发，所以振动的贡献也为0。

对分子体系不应当用imode=1

gaoming · 发表于 Post on 2023-11-29 09:26:56

sobereva 发表于 2023-11-29 00:28
你把imode设成了1，因此不会考虑平动和转动对熵的贡献。再加上当前300K的条件下无法令H2有不可忽略的振动 ...

谢谢sob老师的耐心解答，拜谢！

gaoming · 发表于 Post on 2023-12-1 15:23:18

sobereva 发表于 2023-11-29 00:28
你把imode设成了1，因此不会考虑平动和转动对熵的贡献。再加上当前300K的条件下无法令H2有不可忽略的振动 ...

sob老师，又来叨扰您了，我这里做了两百Cu原子基底吸附一个分子的频率计算，出现了Entropy和Gibbs energy correction NAN字样，不知道是哪个参数出了问题

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-2 11:08:27

gaoming 发表于 2023-12-1 15:23
sob老师，又来叨扰您了，我这里做了两百Cu原子基底吸附一个分子的频率计算，出现了Entropy和Gibbs energy ...

始终用Shermo计算热力学量

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