mdrun模拟后溶剂的序号变得一样怎么办

Seyilaxa · 发表于 Post on 2023-12-3 02:35:25

尝试用solvate构建了一个纯水体系，然后做了一步em后发现这个问题依旧存在，之前水分子是正常排序的，模拟后水分子的残基号全部变成了1SOL。在pymol中也无法选中其中的某一个分子，这样会影响后续的模拟吗，或者说该如何解决？
模拟前和模拟后.gro文件对比

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-3 02:55:43

正常情况不会出现这种问题
没具体模拟用的文件、完整命令没法判断原因

Seyilaxa · 发表于 Post on 2023-12-3 11:51:46

sobereva 发表于 2023-12-3 02:55
正常情况不会出现这种问题
没具体模拟用的文件、完整命令没法判断原因

我是先用solvate创建盒子 gmx solvate -cs tip4p.gro -p topol.top -box 3 3 3 -o box.gro
然后 gmx grompp -c box.gro -f em.mdp -p topol.top -o em.tpr
gmx mdrun -v -deffnm em
生成的.gro就变成标题那样子了

box.gro (163.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

topol.top (198 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

em.mdp (493 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

em.gro (163.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

lyj714 · 发表于 Post on 2023-12-3 12:29:14

如果用的gmx版本是2020系列的前几个小版本，那是bug，换gmx，一般都应该用每个系列的最新的那个小版本。

Seyilaxa · 发表于 Post on 2023-12-3 13:02:19

lyj714 发表于 2023-12-3 12:29
如果用的gmx版本是2020系列的前几个小版本，那是bug，换gmx，一般都应该用每个系列的最新的那个小版本。

谢谢，更新了版本果然好了

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