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[GROMACS] genion加入离子浓度的物理意义是什么?

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gmx genion -s em.tpr -p mix.top -o mix2.gro -conc 3 -neutral -pname NA -nname F -rmin 0.4  在这个加离子命令里面 “-conc 3”的物理意义是什么?

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发表于 Post on 2023-12-6 07:16:57 | 只看该作者 Only view this author
加额外的离子,使得盐浓度为3M
如果你不知道为什么要加就不加
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-6 08:52:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-6 07:16
加额外的离子,使得盐浓度为3M
如果你不知道为什么要加就不加

在我的体系中,加入阴阳离子为3M,最后确定体系中阴阳离子个数为58个,这个是怎么计算的呢?

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发表于 Post on 2023-12-6 09:59:06 | 只看该作者 Only view this author
LY1 发表于 2023-12-6 08:52
在我的体系中,加入阴阳离子为3M,最后确定体系中阴阳离子个数为58个,这个是怎么计算的呢?

用离子摩尔数除以盒子体积
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