计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1343|回复 Reply: 15
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 求助 铜配合物中电荷和自旋多重度设置问题

[复制链接 Copy URL]

32

帖子

0

威望

429

eV
积分
461

Level 3 能力者

本帖最后由 love_yy 于 2023-12-15 22:01 编辑

   对于这个分子,配体带有4个负电荷(四个磺酸根),与二价铜离子形成配合物。
   问题1:分子的电荷是-2吗
   问题2:在gaussview中显示分子的总电子为587(分子结构无误),但是我把分子中铜原子删掉后显示总电子数为558,岂不是说明我删掉的是带29个电子的铜原子!
   问题3:




202312152138323715..png (143.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

202312152138323715..png

249

帖子

0

威望

1809

eV
积分
2058

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2023-12-16 10:38:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 好多于 于 2023-12-18 08:35 编辑

个人见解,酞菁整体显中性,可以认为体系净电荷来自于其他基团,因此电荷应为-4价。第二,Gview应该不支持直接添加金属离子,也无法指定金属价态,因此去掉铜原子电子数变化29也就不奇怪。
不管是生活还是工作,适当放松才能事半功倍。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2023-12-16 18:37:32 | 只看该作者 Only view this author
gview里删除原子时电子数的变化始终当按中性原子的电子数来算,关注这个没意义。用户只需要自己恰当设置净电荷保证正确就完了,完全甭管gview显示什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

32

帖子

0

威望

429

eV
积分
461

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-16 22:37:08 | 只看该作者 Only view this author
好多于 发表于 2023-12-16 10:38
个人见解,把酞菁和四角的基团当作整个配体去和铜离子配位,整体电荷为-2价应该没问题。第二,Gview应该不 ...

谢谢老师的解答。那如果把酞菁四个角的磺酸根加H(如下图),这个是不是电荷是不是就是+2了,然后再看整体的电子数,配自旋多重度。


202312162237313435..png (41.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202312162237313435..png

32

帖子

0

威望

429

eV
积分
461

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-16 22:38:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-16 18:37
gview里删除原子时电子数的变化始终当按中性原子的电子数来算,关注这个没意义。用户只需要自己恰当设置净 ...

好滴 谢谢社长

32

帖子

0

威望

429

eV
积分
461

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-16 22:43:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-16 18:37
gview里删除原子时电子数的变化始终当按中性原子的电子数来算,关注这个没意义。用户只需要自己恰当设置净 ...

社长,我还有个疑问,就是如果想知道铜离子的3d层电子排布(比如有没有轨道杂化),那是不是先分别对自旋多重度为2、4、6(假设整体电子数为奇数)的结构进行优化,之后看自旋密度图呀

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2023-12-16 23:29:04 | 只看该作者 Only view this author
love_yy 发表于 2023-12-16 22:43
社长,我还有个疑问,就是如果想知道铜离子的3d层电子排布(比如有没有轨道杂化),那是不是先分别对自旋 ...

对哪个自旋态考察电子排布就算什么自旋态

自旋密度可以考察,但用Multiwfn做Mulliken布居分析可以更清楚给你定量信息
参考
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html
利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系
http://sobereva.com/418http://bbs.keinsci.com/thread-10094-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

32

帖子

0

威望

429

eV
积分
461

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-17 10:38:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-16 23:29
对哪个自旋态考察电子排布就算什么自旋态

自旋密度可以考察,但用Multiwfn做Mulliken布居分析可以更清 ...

好滴 谢谢社长

285

帖子

0

威望

1805

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2023-12-17 12:57:21 | 只看该作者 Only view this author
Cu上正二价,但是周围的卟啉环上的两个N不也提供两个负电荷?整个结构不算四个磺酸根就是电中性,算上磺酸根,电荷就是-4,怎么算出来-2的...

32

帖子

0

威望

429

eV
积分
461

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-17 18:25:23 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2023-12-17 12:57
Cu上正二价,但是周围的卟啉环上的两个N不也提供两个负电荷?整个结构不算四个磺酸根就是电中性,算上磺酸 ...

那这个卟啉环上的两个N为啥不是直接和Cu离子形成共价键呀,而是N负离子共价配位?

32

帖子

0

威望

429

eV
积分
461

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-17 18:29:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 love_yy 于 2023-12-17 18:31 编辑
love_yy 发表于 2023-12-17 18:25
那这个卟啉环上的两个N为啥不是直接和Cu离子形成共价键呀,而是N负离子共价配位?

这个地方一直没搞明白。如果像您说的是N负离子成键,为啥不是写成这样的结构式?

285

帖子

0

威望

1805

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

12#
发表于 Post on 2023-12-17 19:09:35 | 只看该作者 Only view this author
love_yy 发表于 2023-12-17 18:25
那这个卟啉环上的两个N为啥不是直接和Cu离子形成共价键呀,而是N负离子共价配位?

数下N的成键数目自然明白,两个N只形成了两根CN键,还需要与Cu形成共价键
另外两个N是饱和的三根键,所以只形成了配位键

285

帖子

0

威望

1805

eV
积分
2090

Level 5 (御坂)

13#
发表于 Post on 2023-12-17 19:11:17 | 只看该作者 Only view this author
love_yy 发表于 2023-12-17 18:29
这个地方一直没搞明白。如果像您说的是N负离子成键,为啥不是写成这样的结构式?

正常情况其实Cu上的正电荷也不需要写出来,稍微有点金属有机知识就可以判断金属价态

249

帖子

0

威望

1809

eV
积分
2058

Level 5 (御坂)

14#
发表于 Post on 2023-12-18 08:44:26 | 只看该作者 Only view this author
love_yy 发表于 2023-12-16 22:37
谢谢老师的解答。那如果把酞菁四个角的磺酸根加H(如下图),这个是不是电荷是不是就是+2了,然后再看整 ...

这种情况下显中性。
不管是生活还是工作,适当放松才能事半功倍。

32

帖子

0

威望

429

eV
积分
461

Level 3 能力者

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-18 09:26:58 | 只看该作者 Only view this author
好多于 发表于 2023-12-18 08:44
这种情况下显中性。

好嘞 谢谢啦

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 03:47 , Processed in 0.172834 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list