求助：如何生成表面羟基化的二氧化硅晶体top文件

wu1ongcha · 发表于 Post on 2024-3-7 16:35:52

本人按照Sobtop (sobereva.com)中例9建立了二氧化硅超胞晶体文件，想在Z方向上表面对二氧化硅加氢以实现羟基化，以便用于后续使用GROMACS进行小分子与羟基化的二氧化硅界面关系动力学模拟。
但由于体系较大，使用GaussView打开后难以操作，遂使用M$加氢，但sobtop并不能识别M$生成的pdb文件（加氢之前的SIO2可以顺利生成top文件），个人推断问题主要来源于M$，尝试编辑pdb文件后仍未解决。
请问各位老师有什么合理的解决方法吗？十分感谢

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-7 16:39:30

保证pdb文件标准
最后一列必须是元素名。如果有额外的字符都删掉

wu1ongcha · 发表于 Post on 2024-3-7 17:11:51

sobereva 发表于 2024-3-7 16:39
保证pdb文件标准
最后一列必须是元素名。如果有额外的字符都删掉

感谢sob老师的解答，我刚刚调整了一下最后一行的原子名，导入sobtop后能够进入计算，但是生成的.itp文件是空白的，请问这是什么原因呢？
附件为修改后的.pdb文件、生成的.top和.itp文件

牧生 · 发表于 Post on 2024-3-7 17:15:51

你需要加入Si-OH的信息，不同的文献，其参数有点不一样。

wu1ongcha · 发表于 Post on 2024-3-7 17:42:10

牧生发表于 2024-3-7 17:15
你需要加入Si-OH的信息，不同的文献，其参数有点不一样。

好的谢谢您，我试一下

wu1ongcha · 发表于 Post on 2024-3-7 20:03:02

牧生发表于 2024-3-7 17:15
你需要加入Si-OH的信息，不同的文献，其参数有点不一样。

您好，抱歉再次打扰您，我发现我把ms加氢后获得的pdb文件最后一列原子名多余的字符（例如1-、2-等）删掉后，不仅计算出的itp文件空白，就连VMD也无法导入了，请问这是什么原因呢

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-8 05:26:55

wu1ongcha 发表于 2024-3-7 20:03
您好，抱歉再次打扰您，我发现我把ms加氢后获得的pdb文件最后一列原子名多余的字符（例如1-、2-等）删掉 ...

pdb是固定格式文件，删的时候别把列数搞乱了。多余字符要用空格替换，而不是简单backspace删掉

wu1ongcha · 发表于 Post on 2024-3-9 11:30:17

sobereva 发表于 2024-3-8 05:26
pdb是固定格式文件，删的时候别把列数搞乱了。多余字符要用空格替换，而不是简单backspace删掉

十分感谢sob老师的解答

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