计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 629|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 关于石墨烯吸附醛氟有机污染物的基组选择的问题

[复制链接 Copy URL]

14

帖子

0

威望

355

eV
积分
369

Level 3 能力者

想问下各位老师,我在做下图石墨烯吸附有机物的计算中,计算出来的吸附能数值很奇怪,以下是我选用的基组:优化用的是opt freq b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=water) em=gd3bj,计算能量用的是m062x/def2tzvp scrf=(smd,solvent=water) em=gd3,这样的基组选择是否可行。

1.png (29.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

1.png

180

帖子

0

威望

1153

eV
积分
1333

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2023-12-22 14:15:50 | 只看该作者 Only view this author
石墨烯太小了吧,O看起来都和饱和边界的H作用了

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112397

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2023-12-22 16:42:51 | 只看该作者 Only view this author
模型明显不当。参考下文的讨论
18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html

def2-TZVP不考虑counterpoise算物理吸附完全不行。至少得用counterpoise修正BSSE问题
计算化学键键能时考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的
http://sobereva.com/381http://bbs.keinsci.com/thread-6047-1-1.html

从下文2.3节的相互作用能计算平均误差(MAE)上可看到def2-TZVP不考虑counterpoise算的相互作用能误差明显较大,考虑counterpoise改进很显著
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

14

帖子

0

威望

355

eV
积分
369

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 17:25:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-22 16:42
模型明显不当。参考下文的讨论
18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例
htt ...

谢谢sob老师的答复,我再仔细看看这几篇文章

14

帖子

0

威望

355

eV
积分
369

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 17:27:13 | 只看该作者 Only view this author
pal 发表于 2023-12-22 14:15
石墨烯太小了吧,O看起来都和饱和边界的H作用了

谢谢,这里取的是4×4大小的,我再优化下模型

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 19:26 , Processed in 0.167973 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list