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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 求助：amber的align命令的使用方法
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[Amber] 求助：amber的align命令的使用方法

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molly85

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发表于 Post on 2023-12-26 17:37:47 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
各位老师们好，我想使用amber里的align命令将一个蛋白的后100帧叠合起来然后生成100个pdb文件，参考结构使用倒数第100帧的pdb，请问我应该怎么写命令，下面是amber里的align命令的解释
align <mask> [<refmask>] [move <mask>] [mass]
[ first | reference | ref <name> | refindex <#> | previous |
reftraj <name> [parm <name> | parmindex <#>] ]


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发表于 Post on 2023-12-27 10:12:45 | 只看该作者 Only view this author
脚本 每帧单独align
单独输出
循环99次
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