求助：怎么搭建有2条链的蛋白？

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-12-24 17:48:13

老师好，

我想用amber软件跑一个蛋白和配体和下游蛋白的模拟。建模的时候我分别把受体、下游蛋白、配体按顺序粘在了PDB里，中间加TER。然后用tleap生成prmtop、inpcrd。之后存出复合物的PDB。

但是我看到tleap把受体和下游蛋白当成一个蛋白了，中间加了一段loop。如下图：

老师，请问怎么让tleap把受体和下游蛋白当成2个蛋白处理？

谢谢老师。

boqiang · 发表于 Post on 2023-12-25 08:54:05

tleap中直接导出复合物试试

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-12-25 14:24:05

你好，您是说用tleap的combine指令吗

qimianmofang · 发表于 Post on 2023-12-25 17:41:28

这应该是个pymol的显示问题。要确定有没有出问题的话，可以看tleap的输出，比如你的两个蛋白都是G开始A结束，那么可以看到NGLY和CALA都是2。那这样应该没问题。还可以使用vmd打开top和crd，看看虚线处是否有成键。

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-12-25 18:41:46

本帖最后由灵芝5 于 2023-12-25 18:45 编辑

好的，谢谢老师解答。

另外，老师想请问您一下，如果想对这2个蛋白的氨基酸进行限制，是不是在in文件里连续写残基号就可以了。
比如，第一个蛋白残基号是1-395，第2个蛋白残基号是396-543，只需要在in文件里写restraintmask = '(:1-543)’就可以了。

18217265596 · 发表于 Post on 2023-12-27 10:16:12

灵芝5 发表于 2023-12-25 18:41
好的，谢谢老师解答。

另外，老师想请问您一下，如果想对这2个蛋白的氨基酸进行限制，是不是在in文件里 ...

是

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-12-27 16:31:14

好的，谢谢老师解答

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