vmd怎么计算rdf

jitalaoui · 发表于 Post on 2018-9-26 10:28:44

我想用vmd中计算g(r)的插件计算pdb文件的g(r)，我的pdb文件也是从轨迹文件中截取的一系列pdb文件，想问一下set unit cell中怎么设置，pdb文件也有盒子大小吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-9-26 12:26:17

rdf是个统计平均量，计算一帧的话不太合适

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-26 19:56:22

一方面注意2L所说，另一方面根本没有必要自己改盒子尺寸设置。PS：pdb里CRYSTL字段直接就是记录盒子尺寸的

琥珀坠 · 发表于 Post on 2019-6-5 20:03:17

请问这个图在哪里设置

iamjjLin · 发表于 Post on 2024-1-4 10:49:04

琥珀坠发表于 2019-6-5 20:03
请问这个图在哪里设置

VMD main这个页面Extensions-->Analysis-->Radial Pair Distribution Function g(r)
打开这个页面后左上角Utilities，就可以自己设置晶胞。
如果你使用的轨迹文件为不含晶胞尺寸的.xyz文件，这个方法挺好用的。

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