amber进行非标准RNA模拟时如何进行参数化

三木橙 · 发表于 Post on 2024-1-22 15:56:58

我是因为分子动力学的初学者，目前研究的方向主要是模拟siRNA与AGO2蛋白的结合。目前使用的软件是amber，在模拟过程中通常siRNA的核苷酸需要进行化学修饰为非标准核苷酸，因此不能直接使用amber自带的力场进行模拟，查阅文献发现有两种思路1、使用文献中给出的相关参数；2、使用高斯或amber自带的antechamber计算电荷进行模拟。第一个方法目前文献中经常使用的非标准rna力场网站好像已经无法访问了，于是使用第二个方法。寻找到一个教程

https://biomtc.gitee.io/amber-md ... AE%8B%E5%9F%BA.html

该教程是计算非标准氨基酸的教程，根据这个方法，成功运行了添加二位甲氧修饰的RNA模拟。目前的问题是，使用该教程方法得到的模拟结果有多大可信度？如果整条rna都是非标准核苷酸，所有残基都用该方法进行计算，结果会不会特别不可靠？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-1-22 16:45:50

amber里不是自带了100多种天然修饰的RNA嘛

Huschein · 发表于 Post on 2024-1-22 19:21:08

一两个还行，如果全都是这样的肯定不行，肯定要专门拟合的

三木橙 · 发表于 Post on 2024-1-23 09:05:50

喵星大佬发表于 2024-1-22 16:45
amber里不是自带了100多种天然修饰的RNA嘛

啊是那个all_modrna08.lib文件吗第一次发现这个谢谢~

三木橙 · 发表于 Post on 2024-1-23 09:07:57

Huschein 发表于 2024-1-22 19:21
一两个还行，如果全都是这样的肯定不行，肯定要专门拟合的

好的那我再找找探究问题里最常用的几个修饰的力场

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[Amber] amber进行非标准RNA模拟时如何进行参数化

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