请问订书机金团簇怎么构筑？

zyj19831206 · 发表于 Post on 2022-5-24 16:52:45

如图那么复杂的有序的金团簇，表面有配体的话应该怎么构筑？

FETEYA · 发表于 Post on 2022-5-24 17:36:09

提供一种思路：有晶体的直接从晶体结构中取就行，没有晶体的从已有的结构单元出发一点点构建

zyj19831206 · 发表于 Post on 2022-5-24 20:05:42

FETEYA 发表于 2022-5-24 17:36
提供一种思路：有晶体的直接从晶体结构中取就行，没有晶体的从已有的结构单元出发一点点构建

这种金团簇的结构哪里下载呢？可有什么脚本或者别的办法，一点点的看很容易眼花。。。

牧生 · 发表于 Post on 2022-5-24 21:02:31

如果是我的话，那就只有笨办法。vmd里面建立一个立方结构，再用vmd选择一个球形或者圆柱形保存。再用gv打开，手动慢慢的去删除多余的原子，然后手动加上配体。M$也是可以考虑用一下的。

Puying · 发表于 Post on 2022-5-25 01:14:45

牧生发表于 2022-5-24 21:02
如果是我的话，那就只有笨办法。vmd里面建立一个立方结构，再用vmd选择一个球形或者圆柱形保存。再用gv打开 ...

环状结构可以再此基础上利用其它的范围选择语句来处理

zyj19831206 · 发表于 Post on 2022-5-25 13:27:41

牧生发表于 2022-5-24 21:02
如果是我的话，那就只有笨办法。vmd里面建立一个立方结构，再用vmd选择一个球形或者圆柱形保存。再用gv打开 ...

手动加配体，那样太累了吧，主要是连接点太多，很容易搞错了。

FETEYA · 发表于 Post on 2022-5-25 17:42:21

zyj19831206 发表于 2022-5-24 20:05
这种金团簇的结构哪里下载呢？可有什么脚本或者别的办法，一点点的看很容易眼花。。。

JACS上有很多做金团簇结构的在SI里面可以找到晶体结构

熊琳 · 发表于 Post on 2024-2-1 00:02:42

本帖最后由熊琳于 2024-2-1 00:06 编辑

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