Multiwfn显示段错误，Segmentation fault (core dumped)

wswrpd

我想做一个CDA，按照CH3NH2的例子处理自己的Donor-Acceptor的体系。Gaussian运行一切正常，然后formchk转换chk成fchk也没有问题。
但是用Multiwfn读入显示下面的错误：

分子的输入文件是：
%nprocshared=10
%mem=10GB
%chk=1_PDIPE.chk
# b3lyp/6-31g** nosymm pop=full IOp(3/33=1,3/32=2)

PDIPE for CDA

0 1
H                  2.34450900    6.51487500   -0.72907200
H                  1.15012100    6.93214100   -1.98238800
H                  1.98461100    8.21524500   -1.09239100
H                 -0.01695300    0.27693300    1.28493500
H                  1.34762400    8.64482800    1.39415700
H                  0.12303900    7.61859300    2.15636300
H                  1.73091400    6.95450700    1.77929000
H                 -6.74934200   -5.35164000   -2.14998000
H                 -5.58693200   -6.33497700   -1.22677300
H                 -7.30201400   -6.79092300   -1.27966800
H                 -6.93039700   -5.24865700    2.16427800
H                 -7.42609600   -6.72314300    1.31924100
H                 -5.70727100   -6.28464400    1.38971000
H                 -0.30510700    7.96635300   -0.26482000
H                 -7.93890800   -4.77355100   -0.05394400
H                 -5.50101300    3.53043800   -0.92930600
H                 -2.10802000   -3.61382500    0.14895300
H                 -7.81867400   -0.19131800   -0.27602900
H                 -6.57336600    1.94452600   -0.34282600
H                  1.19870200    2.42125200    1.32014300
H                 -4.19031500    5.62604400   -0.98101700
C                 -3.92501000   -0.17886300    0.04622900
C                 -4.63350300    1.04766900   -0.14312100
C                 -3.87274000    2.30071300   -0.25452300
C                 -2.48599400    2.28136100    0.06927800
C                 -1.80568400    1.06978900    0.40763300
C                 -2.50431700   -0.21138300    0.22276100
C                 -4.45702000    3.49997000   -0.64056900
C                 -1.76711300    3.50459200    0.08173700
C                 -2.39835100    4.70463700   -0.30593000
C                 -3.72519400    4.69434600   -0.67705700
C                 -1.65122300    5.98949500   -0.31986000
C                  0.36598600    4.79524000    0.46135500
C                 -0.41752800    3.53347300    0.49670400
C                  0.17750800    2.38107200    0.95308000
C                 -0.51691100    1.16130100    0.91583700
C                 -1.85617300   -1.45879100    0.19152800
C                 -4.66193900   -1.39108700    0.02401200
C                 -6.01872200    1.01939800   -0.23976600
C                 -6.06551700   -1.37987700   -0.08890500
C                 -6.73657000   -0.18140700   -0.20195700
C                 -2.61857900   -2.65687600    0.14533500
C                 -3.98501400   -2.62946100    0.09870600
C                 -4.73302200   -3.91618800    0.08112300
C                 -6.84428800   -2.64653900   -0.08922800
C                 -6.90467500   -5.11177700   -0.00023500
C                  0.44485600    7.23946800    0.04520400
C                 -6.71942600   -5.88789900    1.30196500
C                 -6.60634000   -5.94708700   -1.24351400
C                  0.94526600    7.62807400    1.43487900
C                  1.55331400    7.21340200   -1.00512700
N                 -0.30431500    5.95615400    0.07429100
N                 -6.12411300   -3.84658300    0.00355600
O                 -8.05697600   -2.63693600   -0.16705800
O                 -4.15131800   -4.98292900    0.13443800
O                 -2.18704800    7.02484400   -0.66343500
O                  1.54745900    4.81081500    0.75628000
C                 -0.44146100   -1.64439000    0.14033400
C                  0.73936400   -1.91639800    0.05309000
H                  6.11270500   -5.27277300    0.03039500
H                 10.17344600   -3.94988000   -0.03444200
H                 10.69679100   -1.58366300   -0.12537000
H                  1.61669800    0.41242200   -0.31850800
H                  4.22473000   -4.85172600    0.15017200
H                  3.27983000    2.24075900   -0.41959100
H                  1.84589800   -4.31068200    0.18227500
H                  5.67497100    1.73577300   -0.34905600
H                  8.50204700   -5.78044600    0.03610200
H                  7.56828300    1.32322600   -0.24489000
H                  9.94927600    0.77962900   -0.21636700
C                  4.48529000   -1.45748400   -0.12269400
C                  4.90584800   -2.82199900   -0.03108700
C                  6.34628500   -3.14020500   -0.04308000
C                  7.29719200   -2.07389600   -0.09964600
C                  6.88180000   -0.70800800   -0.16592200
C                  5.43824700   -0.39145500   -0.19684600
C                  6.80951000   -4.44369700   -0.00046000
C                  8.68873200   -2.38128300   -0.09085900
C                  9.10880400   -3.73332500   -0.03903800
C                  8.18409800   -4.74342300    0.00117100
C                  9.63991000   -1.33229700   -0.13459600
C                  9.22495200   -0.02799700   -0.18584500
C                  7.85127100    0.27824000   -0.20252800
C                  4.97680400    0.90944200   -0.29232800
C                  3.09466400   -1.14676600   -0.13429900
C                  3.93920600   -3.81026200    0.06869100
C                  2.13463200   -2.20374300   -0.01082100
C                  2.57278700   -3.51111500    0.08503400
C                  3.60348200    1.20704400   -0.33267800
C                  2.67789000    0.19807700   -0.26088300


片段1（Acceptor）：
%nprocshared=4
%mem=8GB
%chk=1_PDI.chk
# b3lyp/6-31g** nosymm pop=full IOp(3/32=2)

PDI for CDA

0 2
H                  2.34450900    6.51487500   -0.72907200
H                  1.15012100    6.93214100   -1.98238800
H                  1.98461100    8.21524500   -1.09239100
H                 -0.01695300    0.27693300    1.28493500
H                  1.34762400    8.64482800    1.39415700
H                  0.12303900    7.61859300    2.15636300
H                  1.73091400    6.95450700    1.77929000
H                 -6.74934200   -5.35164000   -2.14998000
H                 -5.58693200   -6.33497700   -1.22677300
H                 -7.30201400   -6.79092300   -1.27966800
H                 -6.93039700   -5.24865700    2.16427800
H                 -7.42609600   -6.72314300    1.31924100
H                 -5.70727100   -6.28464400    1.38971000
H                 -0.30510700    7.96635300   -0.26482000
H                 -7.93890800   -4.77355100   -0.05394400
H                 -5.50101300    3.53043800   -0.92930600
H                 -2.10802000   -3.61382500    0.14895300
H                 -7.81867400   -0.19131800   -0.27602900
H                 -6.57336600    1.94452600   -0.34282600
H                  1.19870200    2.42125200    1.32014300
H                 -4.19031500    5.62604400   -0.98101700
C                 -3.92501000   -0.17886300    0.04622900
C                 -4.63350300    1.04766900   -0.14312100
C                 -3.87274000    2.30071300   -0.25452300
C                 -2.48599400    2.28136100    0.06927800
C                 -1.80568400    1.06978900    0.40763300
C                 -2.50431700   -0.21138300    0.22276100
C                 -4.45702000    3.49997000   -0.64056900
C                 -1.76711300    3.50459200    0.08173700
C                 -2.39835100    4.70463700   -0.30593000
C                 -3.72519400    4.69434600   -0.67705700
C                 -1.65122300    5.98949500   -0.31986000
C                  0.36598600    4.79524000    0.46135500
C                 -0.41752800    3.53347300    0.49670400
C                  0.17750800    2.38107200    0.95308000
C                 -0.51691100    1.16130100    0.91583700
C                 -1.85617300   -1.45879100    0.19152800
C                 -4.66193900   -1.39108700    0.02401200
C                 -6.01872200    1.01939800   -0.23976600
C                 -6.06551700   -1.37987700   -0.08890500
C                 -6.73657000   -0.18140700   -0.20195700
C                 -2.61857900   -2.65687600    0.14533500
C                 -3.98501400   -2.62946100    0.09870600
C                 -4.73302200   -3.91618800    0.08112300
C                 -6.84428800   -2.64653900   -0.08922800
C                 -6.90467500   -5.11177700   -0.00023500
C                  0.44485600    7.23946800    0.04520400
C                 -6.71942600   -5.88789900    1.30196500
C                 -6.60634000   -5.94708700   -1.24351400
C                  0.94526600    7.62807400    1.43487900
C                  1.55331400    7.21340200   -1.00512700
N                 -0.30431500    5.95615400    0.07429100
N                 -6.12411300   -3.84658300    0.00355600
O                 -8.05697600   -2.63693600   -0.16705800
O                 -4.15131800   -4.98292900    0.13443800
O                 -2.18704800    7.02484400   -0.66343500
O                  1.54745900    4.81081500    0.75628000
C                 -0.44146100   -1.64439000    0.14033400
C                  0.73936400   -1.91639800    0.05309000




片段2（Donor）：
%nprocshared=4
%mem=8GB
%chk=1_PE.chk
# b3lyp/6-31g** nosymm pop=full IOp(3/32=2)

PE for CDA

0 2
H                  6.11270500   -5.27277300    0.03039500
H                 10.17344600   -3.94988000   -0.03444200
H                 10.69679100   -1.58366300   -0.12537000
H                  1.61669800    0.41242200   -0.31850800
H                  4.22473000   -4.85172600    0.15017200
H                  3.27983000    2.24075900   -0.41959100
H                  1.84589800   -4.31068200    0.18227500
H                  5.67497100    1.73577300   -0.34905600
H                  8.50204700   -5.78044600    0.03610200
H                  7.56828300    1.32322600   -0.24489000
H                  9.94927600    0.77962900   -0.21636700
C                  4.48529000   -1.45748400   -0.12269400
C                  4.90584800   -2.82199900   -0.03108700
C                  6.34628500   -3.14020500   -0.04308000
C                  7.29719200   -2.07389600   -0.09964600
C                  6.88180000   -0.70800800   -0.16592200
C                  5.43824700   -0.39145500   -0.19684600
C                  6.80951000   -4.44369700   -0.00046000
C                  8.68873200   -2.38128300   -0.09085900
C                  9.10880400   -3.73332500   -0.03903800
C                  8.18409800   -4.74342300    0.00117100
C                  9.63991000   -1.33229700   -0.13459600
C                  9.22495200   -0.02799700   -0.18584500
C                  7.85127100    0.27824000   -0.20252800
C                  4.97680400    0.90944200   -0.29232800
C                  3.09466400   -1.14676600   -0.13429900
C                  3.93920600   -3.81026200    0.06869100
C                  2.13463200   -2.20374300   -0.01082100
C                  2.57278700   -3.51111500    0.08503400
C                  3.60348200    1.20704400   -0.33267800
C                  2.67789000    0.19807700   -0.26088300

分子结构已经在相同的基组下优化过了，样子如图片所示：

978142355

虽然我没算过CDA，但是类似的错误我也遇到过，似乎是内存的问题。原来的一个4G内存的计算机，只要cube文件过大，立刻就core dump。后来换成了组内的64G内存的服务器弄，至少300M的cube文件弄，再没出过这个错误。方便且无隐私的问题的话，3个输入文件传上来，过大的话，用百度网盘，我看看到底是不是内存小造成的。我根据你给的体系计算了一下，放在Multiwfn中可以，不知道你做的过程是什么？最好把你操作的序号也写出来。图1和图2计算正常。

wswrpd

978142355 发表于 2016-10-18 14:26
虽然我没算过CDA，但是类似的错误我也遇到过，似乎是内存的问题。原来的一个4G内存的计算机，只要cube文件 ...

太谢谢你了！网盘地址如下：http://pan.baidu.com/s/1bpHtpmB
操作什么的等一下，我这里凌晨3点了。。。睡一觉，明天肯定给你操作。再次表示谢谢！！

978142355

wswrpd 发表于 2016-10-18 15:24
太谢谢你了！网盘地址如下：http://pan.baidu.com/s/1bpHtpmB
操作什么的等一下，我这里凌晨3点了。。。 ...

不是那个意思，我的意思是把Multiwfn中你进行的数字标号告诉我，即16---2----………………类似于这样的东西，因为我没做过CDA，所以我得咨询你，况且CDA功能中，选项那么多，不太清楚你在那里出现的core dump问题。PS：大半夜不睡觉，这么辛苦啊

wswrpd

978142355 发表于 2016-10-18 15:31
不是那个意思，我的意思是把Multiwfn中你进行的数字标号告诉我，即16---2----………………类似于这样的东 ...

读入PDIPE_CDA.log 以后 16----2----就出错了。。。刚刚洗完脚，躺床之间最后一贴。。。实验室一个博士后的项目，我打个下手，但实验都做完了，所以希望赶快搞完计算。。。。具体要求我明天一定发给你，谢谢

978142355

wswrpd 发表于 2016-10-18 15:41
读入PDIPE_CDA.log 以后 16----2----就出错了。。。刚刚洗完脚，躺床之间最后一贴。。。实验室一个博士后 ...

恩，您先睡觉吧，身体是最重要的，我一会儿下载完就给你运行一下，结果在帖子中给你反馈出。

978142355

wswrpd 发表于 2016-10-18 15:41
读入PDIPE_CDA.log 以后 16----2----就出错了。。。刚刚洗完脚，躺床之间最后一贴。。。实验室一个博士后 ...

结果是，可以的，应该就是你的内存不够造成的。如图1和图2，是计算过程和计算的结果。

wswrpd

978142355 发表于 2016-10-18 15:52
结果是，可以的，应该就是你的内存不够造成的。如图1和图2，是计算过程和计算的结果。

先是 读入PDIPE_CDA.log文件16----2 读入PDI_CDA.log以及PE_CDA.log文件n-----y  

-2 然后 0 麻烦将获得的.txt文件发给我（CDA信息）

5 --- 2 麻烦将获得的.png文件发给我（alpha轨道的图）
5 --- 2 麻烦将获得的.png文件发给我（beta轨道的图）

就这么多了，毕竟不能一直麻烦下去，内存问题最终要自己解决。
知道问题是内存不足就好办了。。谢谢帮助！！！

wswrpd

顺便想补充问一个问题，我目前的笔记本有12G的内存，应该可以勉强分析这个分子吧？我按照说明查了kernel.shmmax，以及修改了KMP_STACKSIZE。。。
想问一下这两个变量到底是什么意思？都是修改可以shared的内存大小的吗？ 还有我ubuntu的默认kernel.shmmax 有
kernel.shmmax = 18446744073692774399
这么大，是不是有问题。。。还有KMP_STACKSIZE按照我12G的内存来看，可以设置成多大？

sobereva

本身载入你这种大小的fch文件其实用不了多少内存，windows 32bit版都够
Linux版一定要按2.1.2节的方式进行配置。默认的如果已经很大就不用管了。kernel.shmmax控制堆栈内存可用大小，全局变量会占用这部分空间。KMP_STACKSIZE用默认值即可，一般不用动它，除非运算过程中提示不够。这是并行计算时候每个线程能用的内存上限。

另外，假设死活fch就是没法载入，windows版也不行，也可以尝试用高斯输出文件来做CDA分析。（对于使用fch做CDA分析的情况，pop=full、IOp那些都不需要）

978142355

wswrpd 发表于 2016-10-19 01:30
先是 读入PDIPE_CDA.log文件16----2 读入PDI_CDA.log以及PE_CDA.log文件n-----y  

-2 然后 0 麻烦将获 ...

可以，但是需要等到北京时间晚上8点左右。我在这头上政治和英语课，得上一天。

wswrpd

978142355 发表于 2016-10-19 12:00
可以，但是需要等到北京时间晚上8点左右。我在这头上政治和英语课，得上一天。

层主是本科生啊！厉害厉害，看来要到明早了

978142355

wswrpd 发表于 2016-10-19 13:14
层主是本科生啊！厉害厉害，看来要到明早了

no,层主是硕士生。我倒是希望我能年轻点………………………………

978142355

wswrpd 发表于 2016-10-19 13:14
层主是本科生啊！厉害厉害，看来要到明早了

不知道做的对不对啊，反正是按照你说的操作的，这图片看起来咋这个样呢…………………………总算赶在晚八点前弄完了╮(╯▽╰)╭，被老师约谈了半个小时

wswrpd

978142355 发表于 2016-10-19 19:52
不知道做的对不对啊，反正是按照你说的操作的，这图片看起来咋这个样呢…………………………总算赶在晚八 ...

没错，因为分子体系太大又是共轭体系，LUMO附近轨道肯定很多，默认情况作图肯定会堆在一起，谢谢！！