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[GROMACS] 求助:动力学模拟能量极小化步骤出现如图所示报错,请问该如何解决?

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报错内容:There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
consisting of 25 atoms.  The longest distance involved in such interactions is
5.407 nm which is above half the box length.  Either you have excessively large
distances between atoms in bonded interactions or your system is exploding.
我自己的理解是可能盒子设置的太大了 但是改小尺寸后依然出现同样的错误。

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发表于 Post on 2023-2-21 20:52:01 | 只看该作者 Only view this author
你是不是有分子在盒子的邊緣出了盒子的範圍?

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发表于 Post on 2023-2-22 04:19:50 | 只看该作者 Only view this author
跟盒子太大毫无关系
暗示模拟可能跑崩了,照着检查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-22 14:17:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-22 04:19
跟盒子太大毫无关系
暗示模拟可能跑崩了,照着检查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

谢谢老师

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发表于 Post on 2024-6-6 16:55:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jiangyan 于 2024-6-6 16:56 编辑

请问一下,你得问题处理完了嘛,我也遇到了一样的问题不知道怎么解决,想知道你是怎么解决这个问题的呀

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