计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 14634|回复 Reply: 27
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 求助是否需要加弥散

[复制链接 Copy URL]

125

帖子

0

威望

541

eV
积分
666

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
社长,我的单个分子是有氢键的,是否需要加弥散函数呢?

QQ图片20190916185050.png (17.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 61)

QQ图片20190916185050.png

125

帖子

0

威望

541

eV
积分
666

Level 4 (黑子)

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-16 19:01:11 | 只看该作者 Only view this author
请问优化单个分子是否需要加弥散,我之前优化用的是,b3lyp/6-31G**

374

帖子

2

威望

1539

eV
积分
1953

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2019-9-16 19:46:21 | 只看该作者 Only view this author
社長:b3lyp又不加DFT-D3

22

帖子

0

威望

119

eV
积分
141

Level 2 能力者

4#
发表于 Post on 2019-9-16 19:47:37 | 只看该作者 Only view this author

125

帖子

0

威望

541

eV
积分
666

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-16 21:10:30 | 只看该作者 Only view this author
sige 发表于 2019-9-16 19:47
看此贴http://sobereva.com/119

看过了,谢谢您,但是还是不确定应不应该加。

125

帖子

0

威望

541

eV
积分
666

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-16 21:13:01 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2019-9-16 19:46
社長:b3lyp又不加DFT-D3

加d3了,谢谢您。

138

帖子

0

威望

443

eV
积分
581

Level 4 (黑子)

7#
发表于 Post on 2019-9-16 22:42:32 | 只看该作者 Only view this author
这不是看你需要用来做什么吗?
如果你需要研究这个氢键的相互作用力,那就加
如果你只是做一个几何结构优化看看长啥样就不加
上海交通大学计算化学与分子生物信息学实验室
Shanghai JiaoTong University
Computational Chemistry and Molecular Bioinformatics Laboratory

CCMBI of SJTU
点击访问个人主页

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112384

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2019-9-16 23:01:47 | 只看该作者 Only view this author
结构优化,用了3-zeta档次基组诸如6-311G**就不用加弥散
如果考察诸如分子内氢键键能,算能量时候应当加弥散

以后记得,加了D3的时候必须明确说清楚,B3LYP和B3LYP-D3有天壤之别

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

125

帖子

0

威望

541

eV
积分
666

Level 4 (黑子)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-17 08:25:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-16 23:01
结构优化,用了3-zeta档次基组诸如6-311G**就不用加弥散
如果考察诸如分子内氢键键能,算能量时候应当加弥 ...

好的,谢谢社长!

125

帖子

0

威望

541

eV
积分
666

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-17 08:25:47 | 只看该作者 Only view this author
DoubeeTwT 发表于 2019-9-16 22:42
这不是看你需要用来做什么吗?
如果你需要研究这个氢键的相互作用力,那就加
如果你只是做一个几何结构优 ...

明白了,谢谢!

125

帖子

0

威望

541

eV
积分
666

Level 4 (黑子)

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-18 21:37:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-16 23:01
结构优化,用了3-zeta档次基组诸如6-311G**就不用加弥散
如果考察诸如分子内氢键键能,算能量时候应当加弥 ...

社长,我还想问一下,我接下来要用gromacs考察动力学分子间氢键,请问我现在用b3lyp-d3/6-311G**进行结构优化需要加弥散函数吗?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112384

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2019-9-19 16:20:30 | 只看该作者 Only view this author
明园 发表于 2019-9-18 21:37
社长,我还想问一下,我接下来要用gromacs考察动力学分子间氢键,请问我现在用b3lyp-d3/6-311G**进行结构 ...

做动力学之前甚至都不是非得做几何优化

不需要
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

125

帖子

0

威望

541

eV
积分
666

Level 4 (黑子)

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-23 10:02:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-19 16:20
做动力学之前甚至都不是非得做几何优化

不需要

好的,谢谢社长。

14

帖子

0

威望

255

eV
积分
269

Level 3 能力者

14#
发表于 Post on 2022-7-2 13:14:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-16 23:01
结构优化,用了3-zeta档次基组诸如6-311G**就不用加弥散
如果考察诸如分子内氢键键能,算能量时候应当加弥 ...

社长,我想研究卟啉镍结构、Mayer键级、活性位点等性质,选用泛函基组是TPSSH/6-311g**。在探究电场对卟啉镍结构性质的影响时,对重原子加了弥散,发现在不加电场时结构优化,加不加弥散对卟啉镍结构有很大的影响。因为已经在不加弥散条件下做了很多计算和分析,想问一下对卟啉镍来说,在TPSSH/6-311g**下加不加弥散原理上谁更可信?在探究卟啉镍结构性质时不加弥散,探究结构随电场变化时加弥散,这样造成文章前后不一致、结构有差别是不是不好。您有什么建议吗?谢谢~

1万

帖子

0

威望

7396

eV
积分
18151

Level 6 (一方通行)

15#
发表于 Post on 2022-7-2 14:48:57 | 只看该作者 Only view this author
Kelly00 发表于 2022-7-2 06:14
社长,我想研究卟啉镍结构、Mayer键级、活性位点等性质,选用泛函基组是TPSSH/6-311g**。在探究电场对卟 ...

建议检查一下是不是加弥散过后SCF收敛到了另一个波函数。有时候体系有两个SCF波函数,当你改变理论级别以后,可能就会收敛到另外一个波函数,这时应该通过交换轨道次序等方法,强制让计算收敛到你要的那个波函数
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 11:42 , Processed in 0.170859 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list