有机小分子在碳管上的吸附-力场选择问题

Treein · 发表于 Post on 2024-3-7 19:29:59

小白求助，想用gromacs模拟有机小分子在碳管上的吸附问题，目前用sobtop得到了小分子和碳管的基于gaff力场的拓扑文件，后续想用gaff模拟吸附。但是gromacs是不是不兼容gaff力场？如果有解决方法，能具体说说吗？
看文献这种体系都是基于OPLS-AA力场来做的，不行的话是不是得基于OPLS-AA力场生成gro、top？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-3-7 20:31:24

gromacs当然兼容GAFF力场

Treein · 发表于 Post on 2024-3-7 21:39:26

主要是看gromacs力场选项里面只有AMBER CHARMM GROMOS OPLS-AA

dzdhp · 发表于 Post on 2024-3-8 09:05:13

Treein 发表于 2024-3-7 21:39
主要是看gromacs力场选项里面只有AMBER CHARMM GROMOS OPLS-AA

amber力场就是兼容gaff的

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-8 11:51:43

谁规定GROMACS只能用自带的力场了？

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt，了解基本常识

GAFF力场干这个极其适合

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[GROMACS] 有机小分子在碳管上的吸附-力场选择问题